公司在清算期间，印章应当交由管理人，也就是清算小组管理。

《破产法》第二十四条

管理人可以由有关部门、机构的人员组成的清算组或者依法设立的律师事务所、会计师事务所、破产清算事务所等社会中介机构担任。人民法院根据债务人的实际情况，可以在征询有关社会中介机构的意见后，指定该机构具备相关专业知识并取得执业资格的人员担任管理人。有下列情形之一的，不得担任管理人：

(一)因故意犯罪受过刑事处罚；

(二)曾被吊销相关专业执业证书；

(三)与本案有利害关系；

(四)人民法院认为不宜担任管理人的其他情形。个人担任管理人的，应当参加执业责任保险。

第二十五条

管理人履行下列职责：

(一)接管债务人的财产、印章和账簿、文书等资料；

(二)调查债务人财产状况，制作财产状况报告；

(三)决定债务人的内部管理事务；

(四)决定债务人的日常开支和其他必要开支；

(五)在第一次债权人会议召开之前，决定继续或者停止债务人的营业；

(六)管理和处分债务人的财产；

(七)代表债务人参加诉讼、仲裁或者其他法律程序；

(八)提议召开债权人会议；

(九)人民法院认为管理人应当履行的其他职责。本法对管理人的职责另有规定的，适用其规定。

一、清算组的权利和义务

1.接管破产企业。清算组从成立之日起，接管破产企业。接管的具体形式表现为接收破产企业的财产、帐册、经营文件、印章等，从而替代破产企业进行日常工作。

2.负责破产财产的保管、清理、估价、处理和分配。清算组在接受破产企业财产之后，对财产的保管、清理、估价、处理和分配既是清算组的权利，也是清算组的义务。清算组有权对破产财产保管和处置，任何人都不得干涉清算组对破产财产的保管、清理、估价权利的行使。清算组对破产财产处理和分配的方案须经债权人会议通过并经人民法院裁定后才可执行。

3.替代破产企业进行必要的民事活动。债务人在被宣告破产之后，其对外的日常事务并未即刻了结，这些工作需要清算组来完成，例如参加对外的民事诉讼活动；决定原先签定的合同是否要继续履行。此外还有权决定是否承认抵销权：别除权、取回权；决定支付有关破产费用等权利。