申请再审超过期限应该：

1、当事人逾期申请再审被法院驳回的，可以直接向检察机关申请再审检察建议或者抗诉。逾期申请再审的救济方式可以概括为，无论是民事案件、行政案件还是刑事案件，再审申请被法院驳回后，都可以向检察机关申请或者申请再审检察建议或者抗诉；

2、因为法律对检察机关对有效判决的抗诉没有期限规定，检察院向法院申请再审没有限制。申诉人向检察机关申请再审检察建议或者抗诉是检察机关发现错误判决的重要途径，申诉材料只是检察机关提出抗诉或者检察建议的来源之一。

超过期限的处罚决定应当撤销

甲公司与乙公司于2000年11月签订《委托加工合同》，约定由乙公司提供药品批准文号委托甲公司按《药典》标准和GMP管理生产药品。药品监督管理部门批复同意乙公司委托甲公司生产前述三种药品。但甲公司超出了药品监督管理部门批复范围，生产批复范围之外的其他种类药品。2001年11月27日，药品监督管理局决定对乙公司擅自委托甲公司加工生产被撤销药品生产批准文号的复方氨基酸注射液—18AA（250ml，7．5g和500ml，15g）一案予以立案查处。2002年10月，药品监督管理局作出行政处罚决定，认定甲公司未经批准擅自接受乙公司加工生产复方氨基酸注射液—18AA（250ml，7．5g和500ml，15g）共26批，其中250ml的10批61080瓶，500ml的16批104260瓶，违反了《中华人民共和国药品管理法》第三十三条和国家药品监督管理局《关于药品异地生产和委托加工有关规定的通知》第一条的规定，决定没收封存扣押药品，没收违法所得156259．84元，并处156259．84元罚款。

甲公司对该处罚决定不服提出行政复议申请。经审查，行政复议机关认为药品监督管理局办案期限从2001年11月到2002年10月，长达1年时间，大大超出了《药品监督行政处罚程序》第26条规定的期限，属于违反法定程序，遂作出了撤销药品监督管理局的行政处罚决定的行政复议决定。

［评析］

行政程序是指由行政行为的方式、步骤和时间、顺序所构成的行为过程。为了规范行政权力的运作，防止行政主体滥用权力，保护相对人的合法权益，必须建立一套法定的、科学的程序规则。从一定意义上讲，依法行政主要是依法定程序行政。违反法定程序，也是一种违法行政行为。为此，《中华人民共和国行政复议法》第28条第1款第（三）项明确规定：具体行政行为违反法定程序的，应当决定撤销、变更或者确认该具体行政行为违法。

期限是行政程序的基本组成要素。随着立法的严密，法律对行政机关作出或完成一个行政行为提出了明确的时间上要求，以期提高行政效率，充分保障行政管理相对人的权益，这就是期限，即法律所规定的行政机关作出或完成某一个行政行为的时间限制。违反法定期限的行政行为属于典型的程序违法，依法应当予以撤销。

在查处违法行为时行政机关应当在多长时间内作出行政处罚决定，《中华人民共和国行政处罚法》并没有明确规定。而国家部委在制定关于实施行政处罚的程序规则时往往就本部门行政处罚案件的办理期限作了规定。例如国家药品监督管理局在1999年5月31日通过的《药品监督行政处罚程序》第26条就规定：药品监督管理行政机关应当自立案之日起三个月内作出行政处罚决定。因特殊原因，需要延长前款规定的时间的，应当报请上级药品监督管理行政机关批准。这种期限规定就构成了药品监督行政处罚必要的程序规定。超过这个期限作出行政处罚决定，就属于程序违法。

本案中，药品监督管理局于2001年11月27日就立案查处该案，但直至2002年10月才作出行政处罚决定，办案期限长达近一年，而这种延期没有得到上级药品监督管理行政机关的批准。因此，行政复议机关认定药品监督管理局违反了上述《药品监督行政处罚程序》的第26条规定，属于违反法定程序，其作出的行政处罚决定应当予以撤销。

需要说明的是，本案因为行政处罚超过有关规范性文件的规定被认定程序违法也有不同看法。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百五十二条当事人及其法定代理人、近亲属，对已经发生法律效力的判决、裁定，可以向人民法院或者人民检察院提出申诉，但是不能停止判决、裁定的执行。