备案合同与施工合同的区别主要在于法律适用不同，以及签订情况不同等，在一般的情况，两个合同的内容是一致的，如果不一致就是阴阳合同，会导致在工程款的结算上出现较大的争执，一般是以备案合同为准;如果是合同两方有意调整，在不违背原则的基础上，两方另签订合同谈判明确。另外，必须招投标的工程项目，招投人没有按照法定招投标的程序进行招投标，而是自行招标或者是议标的，视为没有办理招投标手续，所签订的建设工程施工合同无效。建设工程纠纷按照无效合同处理。

一、补充合同与主合同结算单价不一致怎么办？

施工合同是需要备案的，那要是建设施工合同和'补充协议'不一致时,应当按照哪个标准进行结算呢?依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条的规定，“当事人就同一建设工程另行订立建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案中标合同作为结算工程价款的根据”。这是“黑白合同”应当以白合同进行结算的基本原则。应当注意的是，不是必须招投标的工程项目，但是，当事人按照招投标的程序进行了招投标，签订了施工合同并进行了备案，此后双方又签订了黑白合同，也应当适用《司法解释》第21条关于以备案合同进行结算的规定。因此，在主合同和补充合同结算不一样时，应该看主合同和补充协议对此是怎么约定的，按约定处理即可，若未约定以哪份为准，一般以补充协议为准，若补充协议的签订存在违法的情形，则以主合同为准。

二、施工合同没备案有什么法律后果

备案不是效力性强制规定，不备案的合同仍可以是有效的合同。

《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第四十七条规定，对于经过招投标程序的建设工程施工合同，其在自投标人中标时就已成立。法律并未规定需经登记备案才生效。

这条规定是国家政府管理部门为了严格管理和监督建设工程合同而采取的行政管理方法。

设立这种备案制度，并不是中标合同必须经过行政部门审查批准才生效，而是确定以经过备案的中标合同作为承包人与发包人双方之间结算工程款的依据。

因此自合同中标时即成立并生效，双方均享有合同权利，应依法履行合同义务。如发包公司违反合同约定将工程擅自再发包给其他建筑公司，属违约行为，应依法承担相关违约责任。