一、二者的法律性质不同

机动车第三者责任商业保险是纯粹的商业保险，是投保人和保险人通过自愿的方式，在平等互利、协商一致的基础上，签订保险合同来实现的一种保险，具有自愿性。而机动车第三者责任强制保险则兼有商业保险和社会保险的属性。首先，其商业保险性质表现在其经营主体是获准经营强制保险的财产保险公司，其用于经营该责任强制保险的合同条款和保险单证均经保监会审核批准，而且，其经营方式采取了与其他各类商业保险基本相同的运作模式。同时，其又具有社会保险的性质，主要在于它承担着社会保障职能。它的实施“有助于受害人的损失得到及时有效的补偿，自然也有助于责任的分担与纠纷的处理”，从而“有助于维护第三者的合法权益，有助于妥善处理各类社会矛盾和纠纷，维护社会的稳定”。这也是将它作为国家法定保险的理由，因而它具有法律上的强制性，机动车必须参加该保险，而保险公司必须承保该保险。

二、两者的法律功能不同

机动车第三者责任商业保险的法律功能是向被保险人提供保险保障。保险人通过保险赔偿，既可弥补被保险人因向交通事故的受害人进行民事赔偿所遭受的经济损失，又使得交通事故的受害人的伤害能获得补偿。机动车第三者责任强制保险除了该保险保障功能外，还发挥着两方面的社会功能：其一是强制实行国家的道路交通公共政策。机动车第三者责任强制保险的目的，在于保护交通事故受害人和社会大众的公共利益，而强制机动车所有人或使用人投保该保险，正是为了实现这一公共利益。其二是实现其公益性。通过该责任强制保险的社会保险性质决定了它是为交通事故受害人的利益而设立的保险，不论被保险人的致害行为是否有违法律，均不影响该保险的效力，故保护公共道路上的行人才是其根本目的。

三、两者的投保义务不同

机动车第三者责任商业保险是自愿保险，适用“意思自治”原则，即是否投保、投保多少金额的责任保险、是否承保等，均由投保人和保险人在平等地位上自愿协商，法律没有规定投保人承担强制投保的义务。反之，机动车第三者责任强制保险作为强制保险，是对契约自由的限制。其典型表现是法定范围内的社会群体必须依法向保险人投保该保险，而保险人亦应当接受其投保。此强制投保的法律价值在于以法律的强制性避免机动车第三者责任商业保险以自愿为基础，导致对交通事故受害人利益保护的局限，从而最大限度地实现我国道路交通公共政策的目标。