1、我国合伙企业的纳税地位和纳税主体

根据《合伙企业法》第六条、《企业所得税法》第一条及《企业所得税法实施条例》第二条规定，依照我国法律、行政法规成立的合伙企业，不适用《企业所得税法》的规定，由合伙人分别缴纳个人所得税。即我国合伙企业不是企业所得税的纳税主体，不具有纳税义务，合伙企业的合伙人才是纳税主体。财政部、国家税务总局《关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》(财税[2008]159号，以下简称159号《通知》)在此基础上作了进一步规定，依中国法律、行政法规成立的合伙企业，自然人合伙人的，缴纳个人所得税;法人和其他组织作为合伙人的，则缴纳企业所得税。

2、合伙企业采取先分后税原则

159号《通知》明确了我国合伙企业的生产经营所得及其他所得，实行先分后税原则。即我国合伙企业是纳税虚体，尤如导管，以其名义取得的收入要直接传递给合伙人，由合伙人按其分配的所得纳税。合伙企业每一纳税年度的收入总额减去成本、费用和损失后的余额，作为自然人合伙人的生产经营所得，比照《个人所得税法》规定的个体工商户的生产经营所得，适用五级超额累进税率，课征个人所得税。合伙人是法人和其他组织的，适用《企业所得税法》的规定。

3、合伙企业利润和亏损原则上按合伙协议的约定分配、分担

《合伙企业法》第三十三条规定了分配合伙企业利润及分担亏损的先后顺序：有合伙协议约定的遵照约定;协议未约定或约定不明的，由合伙人协商;协商不成按合伙人实缴出资比例计算;出资比例不能确定，则按平均原则处理。同时规定不得在合伙协议中约定将全部利润或全部亏损归属部分合伙人。该法第六十九条专门针对有限合伙企业规定，除合伙协议另有约定外，不得将全部利润分配给部分合伙人。159号《通知》也作了类似规定。可见，利润分配和亏损分担对于合伙人应纳税额的计算具有重大意义，从上述规定可以看出，对合伙企业的利润分配和亏损分担起决定作用的是合伙协议约定。

4、部分不按独立交易原则进行的关联交易未受规制

根据法律适用原则，合伙企业税制未作特别规定的，应当适用《税收征管法》的相关规定。《税收征管法》第三十六条规定，企业或者外国企业在中国境内设立的从事生产、经营的机构、场所与其关联企业之间的业务往来，应当按照独立企业交易原则办理;不按独立企业交易原则办理致其应纳税的收入或者所得额减少的，税务机关有权作出合理调整。因《税收征管法》调整的关联交易主体仅限于企业之间，不包括自然人在内，故法人合伙人和其他组织合伙人与合伙企业之间的关联交易易于调整，但是，自然人合伙人与合伙企业之间的关联交易不在其调整范围内。针对《企业所得税法》第六章特别纳税调整所制定的《国家税务总局关于印发〈特别纳税调整实施办法(试行)〉的通知》(国税发[2009]2号)，虽然对企业的反避税作了较为完善的规制，但是因我国合伙企业不具有所得税的纳税主体地位，因而不在其调整范围内。

5、仅规定合伙企业对外投资取得的利息

股息、红利所得在性质上传递至自然人合伙人根据《国家税务总局关于〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉执行口径的通知》(国税函[2001]84号)规定，以合伙企业名义对外投资，分回利息或者股息、红利，应按财政部、国家税务总局《关于印发〈关于个人独资企业和合法企业投资者征收个人所得税的规定〉的通知》(财税[2000]91号)所附规定的第五条精神确定各个投资者的利息、股息、红利所得，分别按利息、股息、红利所得应税项目计算缴纳个人所得税。该通知发生在《合伙企业法》修改引入法人、其他组织合伙人以前，仅规定了合伙企业投资取得的利息、股息、红利三种所得在性质上传递给自然人合伙人，未规定三种所得的性质能否传递给法人合伙人或其他组织合伙人的情形。对合伙企业利息、股息、红利以外的其他所得，能否在性质上传递给合伙人也未作规定。