(1)对于履约保证金的具体内涵加以明确：何种情况下扣除、保函生效失效时间、保证金退还的时间及利息约定;

(2)对于工期拖延的罚则：扣保证金、违约金及抵工程款、总价款的违约金。

(3)对于逾期支付工程款的罚则：发包人不能按时支付工程款的，自逾期之日起按照中国人民银行规定的贷款利率承担迟延履行期间的利息。

违约金：可与延期通比例的约定。

(4)对于优先受偿权的约定。

(5)对于工程及资料交付的约定：发包人与承包人工程结算发生的任何异议，应当通过仲裁或者诉讼解决，但是无论是否发生或者争议责任如何，都不能成为承包人行使工程移交、工程验收、配合工程备案以及移交工程资料的抗辩理由。上述争议被确认属于发包人过错的，发包人承担相应责任。

(6)对于质量争议的约定：质量问题认定的中间机构设置和认定。证明责任的承担和程序。可约定第三方：区所在地的质量部门。

(7)对于质保金的约定：质保期的长短，质保金返还的方式和利息支付问题。

(8)对于安全文明施工过程中的责任承担和处罚方式的约定。

(9)关于工程违法转分包、挂靠的约定：主要是罚则。工程不允许转包或者违法分包，发包人发现承包人违反本条规定转包或者违法分包的，有权立即解除合同。承包人除比照本协议质量、工期相应处罚条款承担全部责任外，应当承担工程总标价10%的违约金。造成发包人损失的，承包人还应承担由于解除合同迫使发包人重新招标引起的房屋销售信誉受损带来的直接、间接经济、名誉赔偿责任。但本协议约定发包人分包的除外。

(10)对于工程保修责任的认定：承包方不保修情况下的处理和费用承担。

一、履约保证金和质保金有什么区别

履约保证金和质保金的区别有：

1、资金来源不同。履约保证金一般来自承包方的流动资金，在施工前付给发包方。质量保证金是发包方与承包方在建设工程承包合同中约定或承包方在工程保修书中承诺，在工程竣工验收交付使用后，从应付的建设工程款中预留的用以维修工程在保修期限和保修范围内出现的质量缺陷的资金。

2、约束的目的不同。履约保证金的目的是担保承包人完全履行合同，主要保证工期和质量符合合同的约定。履约保证金的功能，在于承包人违约时，赔偿发包人的损失，也即如果承包人违约，将丧失收回履约保证金的权利，且，并不以此为限。质量保证金则更多的是一种约束工程质量的手段。

3、保证金的比例和返还时间不同。履约保证金的比例为工程造价的5% -10%，具体执行比例由发包人根据工程造价情况确定，承包人顺利履行完毕自己的合同义务，发包人必须全额返还保证金。质量保证金比例可参照政府投资的建设项目的要求按工程造价5%左右预留保证金，具体比例双方可协商，在工程竣工验收交付使用后开始计算缺陷责任期，责任期内承包人须认真履行合同约定的责任，到期后，承包人向发包人申请返还保证金。

两者的最终目的都是为了维护合同的法律效力，保障合同的正常履行。建设工程合同的执行过程是一段相当长的时间区间，需要承包人严格按照合同条款履行承担的义务，才能按工期、质量要求完成建设任务。