1、不少劳动者对综合工时制中加班工资的有无存在误解，以为休息日加班也应有加班费，一旦企业的综合工作时间符合法定标准，职工提出的仲裁申请是得不到法律支持的；与此对应的是认为实行特殊工时制，员工无论如何加班一律没有加班费。

2、部分企业在原执行特殊工时制行政许可决定书到期后未及时申报的情形。这种情况往往导致双方实际执行综合工时制，但由于缺乏行政许可的必要生效要件，双方很容易发生关于加班费的争议。这也导致企业只能按标准工时制处理加班问题。

3、某岗位已被劳动行政部门批准执行特殊工时制度，但双方劳动合同中约定执行标准工时制度。一旦产生加班，企业认为还可以按照特殊工时制来处理，但按照《劳动合同法》相关规定，该情况仍应按照标准工时制度来核算相应的加班行为。

4、部分个体经营组织自行规定特殊工时制。

法律依据：

《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条

用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：

（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；

（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；

（三）安排加班不支付加班费的；

（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。

一、什么情况可以适用特殊工时

一般情形下，实行综合工时或者不定时工时制有两个生效要件：

1、某特定岗位在特定时间段内经劳动行政部门审批，可执行该制度；

2、用人单位和某特定岗位的职工明确约定执行该特殊工时制度。

需要特别说明的是，如果用人单位在北京，依据《关于印发北京市企业实行综合计算工时工作制和不定时工作制办法的通知》第26条第2款、第3款规定，企业中的高级管理人员实行不定时工作制，不办理审批手续。国家和本市已规定实行特殊工时制度的企业不再履行审批手续。