土地纠纷调处的程序因争议双方的主体不同而有不同。依照我国《土地管理法》第十三条规定：

1、土地所有权和使用权的争议先由当事人协商解决。

2、土地争议双方协商不成的，由当地人民政府土地管理部门进行调解，签订权属地界协议书。

3、协商、调解不成的，按《土地管理法》第十三条规定：全民所有制单位之间、集体所有制单位之间、全民所有制单位和集体所有制单位之间的土地所有权和使用权的争议，由区，县级以上人民政府做出处理决定。如属个人之间、个人与全民所有制单位和集体所有制单位之间的土地使用权的争议，由乡级人民政府或区、县级人民政府做出处理决定。

4、发生严重的侵犯行为，引起重大的财产损失和人身事故，触犯法律的可直接由人民检察院或人民法院处理。

一、导致农民土地使用权纠纷的因素有哪些？

土地纠纷的实质是土地权属纠纷，即是指对土地所有权和使用权的争议。它包括农地、山地、草原、水域等因所有权、使用权受到侵害而引起的争执。权属纠纷发生的原因很多，主要是由于地界不清、土地权属紊乱、政策和体制的变更，以及其他历史遗留问题等。

1、土改、合作化时留下来的土地权属未定，地界无明显的标志或土地证上规定得不够明确。

2、公社化时期体制调整，新划地界不清或调整不合理，协议书订得不明确。

3、因过去无偿占有或平调而变动的土地。

4、因历年集体搞水利建设、平整土地造成地界变更，土地原有状况或新队之间归并，原有田界铲除，无原始记载，现在恢复乡村原建制无历史依据可查考的土地。

5、因行政区划变更，原社队之间、社队与国有土地之间因插花地互越地界以致地界不清的土地。

6、因移民开荒，侵占他队的荒山、荒坡、荒地和原权属不清的公共土地。

7、因其他各种历史原因遗留下来的土地瓜葛问题。

总体来说，土地使用权的处理应该严格的在法律允许的范围内来处置。题中也并未具体的交代清楚要处理土地使用权的什么事情，所以没有办法提供准确的答案，假如说是办理土地使用权证的，农村和集体土地使用权证的办理的流程材料都不一样，对土地资源的使用是国家非常重视的一件事情，农村集体土地的规范性使用也是势在必行的。