由拆迁部门赔偿。国务院房地产行政主管部门及主要职责。国务院房地产行政主管部门即建设部，主管全国城市房屋拆迁管理工作，其主要职责是制定房屋拆迁的法规、规章、方针和政策，监督和指导房地产拆迁工作。地方人民政府房地产行政主管部门及主要职责。县级以上人民政府房地产行政主管部门在省、自治区一级指的是省、自治区建委或者建设厅。在城市(直辖市、市和建制镇)指的是房地产管理局或者城建局。

一、修高速路占了房屋如何赔偿

修高速路占了房屋的赔偿具体如下：

1、拆迁房屋最低货币补偿价格标准，拆迁房屋的最低货币补偿价格，按照被拆迁房屋所处区位新建普通商品房市场评估价格的90%计算；

2、搬家补助费标准，住宅搬迁补助费为每户350元，需要周转过渡的，应计算2次搬家补助费。非住宅按照实际发生的费用计算。

对被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。被征收房屋的价值，由具有相应资质的房地产价格评估机构按照房屋征收评估办法评估确定。对评估确定的被征收房屋价值有异议的，可以向房地产价格评估机构申请复核评估。对复核结果有异议的，可以向房地产价格评估专家委员会申请鉴定。房屋征收评估办法由国务院住房城乡建设主管部门制定，制定过程中，应当向社会公开征求意见。

房地产价格评估机构由被征收人协商选定，协商不成的通过多数决定、随机选定等方式确定，具体办法由省、自治区、直辖市制定。房地产价格评估机构应当独立、客观、公正地开展房屋征收评估工作，任何单位和个人不得干预。被征收人可以选择货币补偿，也可以选择房屋产权调换。被征收人选择房屋产权调换的，市、县级人民政府应当提供用于产权调换的房屋，并与被征收人计算、结清被征收房屋价值与用于产权调换房屋价值的差价。

二、房产证纠纷应该如何维权

按照有关法律和政策规定，发生房地产纠纷后可区别不同情况，通过下列途径解决：

1、凡以房屋为标的物的房屋确权、使用、买卖、租赁、典当、抵押等民事行为发生的纠纷，以及与房屋相关联的房屋装修、装潢、设计、附属设施的归属纠纷，当事人有权直接向人民法院提起民事诉讼。

2、拆迁人与被拆人因拆迁补偿、安置等发生纠纷，双方协商达不成协议的，由批准拆迁的主管部门或房屋拆迁主管部门的同级人民政府裁决，当事人对裁决不服的，可在接到裁决书之日起15日内向法院起诉。

3、单位内部建房、分配公房使用权，是单位内部行政管理行为，职工对分房有意见，或者单位分房不合理引起的纠纷不属于法院受理范围，而应由本单位或者有关行政部门解决。