最高司法机关在总结经验的基础上，就单位犯罪颁布了大量的解释、批复。这些司法解释对统一单位犯罪案件的处理起到了一定的作用，但由于缺乏理论支撑，又或多或少存在一定的缺陷。

归纳起来，这些缺陷主要有以下四种：

1、单位犯罪主体资格的否定标准设置不当

《最高人民法院关于审理单位犯罪案件具体应用法律有关问题的解释》第2条规定：“个人为进行违法犯罪活动而设立的公司、企业、事业单位实施犯罪的，或者公司、企业、事业单位设立后，以实施犯罪为主要活动的，不以单位犯罪论处。”第3条规定：“盗用单位名义实施犯罪，违法所得由实施犯罪的个人私分的，依照刑法有关自然人犯罪的规定定罪处罚。”

上述第2条规定意图通过适用法人人格否认制度，惩治真正的犯罪人。但是，法人人格否认制度，仅是无视法人的独立人格，而不是消灭法人的主体资格。在单位犯罪的场合，法人的主体资格仍然存在，仍然具备受责的前提。可见，以法人人格否认制度来区别单位犯罪与自然人犯罪，并不具有合理性。

而以设立单位的目的是否是进行违法犯罪，或者以单位的主要活动是否是实施违法犯罪作为区分单位犯罪与自然人犯罪的标准，也极不具有可操作性。上述第3条规定为自然人犯罪设置了“违法所得由实施犯罪的个人私分”这一要件具有一定的合理性，但这又重拾了立法机关所舍弃的“为单位谋取非法利益”这一单位犯罪成立要件。

最高司法机关之所以对单位犯罪与自然人犯罪的界分煞费苦心，与刑法对单位成员犯罪与自然人犯罪设置不同的法定刑有着莫大的关系。正如有的学者所言，“由于我国现行刑事法律制度对个人犯罪的惩治力度通常比单位犯罪要强一些。因此，站在国家的立场上，撕开蒙在个人脸上的单位面纱，还他一个自然人犯罪的本来面目，有利于惩治犯罪，维护正常的社会秩序和经济秩序。”

2、单位犯罪的形态结构认识不清

《最高人民法院关于审理单位犯罪案件对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员是否区分主犯、从犯问题的批复》规定：“在审理单位故意犯罪案件时，对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，可不区分主犯、从犯，按照其在单位犯罪中所起的作用判处刑罚。”

二、其他

单位犯罪在主观方面要求，必须是为本单位牟取非法利益或者维护本单位的局部利益而实施犯罪。如果不是为了单位的利益，而是为了谋取个人的利益，以单位的名义实施犯罪行为，则不能构成单位犯罪。比如《刑法》第343条非法采矿罪，犯罪主体既可以是自然人也可以是单位，如果行为人在主观上是为了谋取个人的利益，而不是为给单位牟取非法利益，即使其以单位名义实施犯罪，也只能认定是自然人犯罪而不能认定是单位犯罪。