农民工工资交税一般由用人单位在发放工资之前代扣或个人缴纳。若劳动者的工资超过5000以上，则需缴纳个人所得税。根据法律规定，用人单位代扣代缴的个人所得税的，可以代扣劳动者工资。

法律依据：

《工资支付暂行规定》第十五条

用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：

（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；

（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；

（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；

（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。

《中华人民共和国个人所得税法》第九条

个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。纳税人有中国公民身份号码的，以中国公民身份号码为纳税人识别号；纳税人没有中国公民身份号码的，由税务机关赋予其纳税人识别号。扣缴义务人扣缴税款时，纳税人应当向扣缴义务人提供纳税人识别号。拖欠农民工工资的处理办法：

1、到劳动行政部门举报；

2、到劳动仲裁委员会申请仲裁；

3、向当地人民法院申请支付令。

《劳动合同法》第八十五条规定，用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：

（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；

（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；

（三）安排加班不支付加班费的；

（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。

法律依据：

《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；（三）安排加班不支付加班费的；（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。

通过上述文章中的内容，详细大家已经对农民工工资交税由谁交问题有了一定的了解，建议大家可以多多了解一些这方面相关的法律知识，才可以在遇到法律问题的时候可以运用法律的武器来保护自己的合法权益。如果还有其他需要帮助的法律问题，可以咨询律师给您解答。