在股权转让中，由于股东分为法人股东和自然人股东，转让价格分为平价转让、折价转让和溢价转让，所以股权转让中的涉税风险主要是体现为：股权转让中的企业所得税、个人所得税和印花税的足额缴纳问题。

(一)自然人转让股权的税务风险

1、股权转让协议履行完毕与否的税务风险

根据《国家税务总局关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复》(国税函[2005]130号)的规定，个人转让股权的所得税按以下两种情况处理：

一是股权转让合同履行完毕、股权已作变更登记，且所得已经实现的，转让人取得的股权转让收入应当依法缴纳个人所得税。转让行为结束后，当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权的协议，是另一次股权转让行为，对前次转让行为征收的个人所得税款不予退回。基于此规定，如果股权转让协议已经履行，履行的标志是受让人已经向转让方支付了股权转让款，并在当地工商部门办理了工商变更登记手续。则当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权的协议，对前次转让行为征收的个人所得税款不予退回。

二是股权转让合同未履行完毕，因执行仲裁委员会作出的解除股权转让合同及补充协议的裁决、停止执行原股权转让合同，并原价收回已转让股权的，由于其股权转让行为尚未完成、收入未完全实现，随着股权转让关系的解除，股权收益不复存在，根据个人所得税法和征管法的有关规定，以及从行政行为合理性原则出发，纳税人不应缴纳个人所得税。基于以上规定，个人在进行股权转让时，必须要考虑清楚股权转让协议的履行完毕与否的税收负担问题，如果不想实质上进行股权转让，则在签订股权转让协议之后，不需要进行工商登记，不要支付股权转让款，则股权转让协议是法律上的未履行完毕，可以退回协议，可以节省股权转让中的个人所得税。

2、个人转让股权的个人所得税缴纳的税务风险

个人转让股权的个人所得税缴纳的税务风险主要体现两方面：

一方面是个人转让股权的法律手续不符合税收法律规定。在实践中总是存在一种现象：转让方和受让方私自签订平价或折价的股权转让协议，不通过当地的税务当局，而直接通过社会关系在当地的工商部门办理工商变更登记手续。这是不符合税法规定的，将受到税务当局的稽查和处罚风险。

另一方面是股权转让协议中的转让价格往往不符合独立交易原则，即不符合税收法律规定的折价或平价条件，而少申报缴纳个人所得税。《国家税务总局关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》(国税函[2009]285号)第三条规定：“税务机关应加强对股权转让所得计税依据的评估和审核。对扣缴义务人或纳税人申报的股权转让所得相关资料应认真审核，判断股权转让行为是否符合独立交易原则，是否符合合理性经济行为及实际情况。对申报的计税依据明显偏低(如平价和低价转让等)且无正当理由的，主管税务机关可参照每股净资产或个人股东享有的股权比例所对应的净资产份额核定。”

(二)法人股东股权转让中的税务风险

《中华人民共和国企业所得税法实施条例》(中华人民共和国国务院令》第512号)第八十三条企业所得税法第二十六条第(二)项所称符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益。企业所得税法第二十六条第(二)项和第(三)项所称股息、红利等权益性投资收益，不包括连续持有居民企业公开发行并上市流通的股票不足12个月取得的投资收益。国税函[2010]79号明确转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。基于以上税收法律的规定，法人转让股权协议中的税收风险主要体现在：被投资企业有多年累积的未分配利润和盈余公积时，法人转让股权的转让价格中含有被投资企业多年累积的未分配利润和盈余公积与转让方股东所占股权比例的乘积部分，而使股权转让价格是溢价转让从而使转让方股东多缴纳企业所得税。

所以，如果股东是企业或法人，在发生转让股权时，为了实现少缴纳企业所得税，则可以先将留存收益进行分配，降低净资产，再转让股权，从而降低转让所得，减少企业所得税。