《刑事诉讼法》第18条对公检法三机关的案件管辖分别做了规定，其中第一款规定:刑事案件的侦查由公安机关进行，法律另有规定的除外。第二款规定:贪污贿赂犯罪，国家工作人员的读职犯罪，国家机关工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、报复陷害、非法搜查的侵犯公民人身权利的犯罪以及侵犯公民民主权利的犯罪，由人民检察院立案侦查。对于国家机关工作人员利用职权实施的其他重大的犯罪案件，需要由人民检察院直接受理的时候，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。第三款规定:自诉案件，由人民法院直接受理。

在一般情况下,一个刑事案件的职能管辖是不难确定的。但是,有时也会出现职能管辖权属不清或者管辖权属交叉,从而导致职能管辖冲突的现象,即所谓的职能管辖冲突。在实践中,因职能管辖导致的冲突类型大致有以下情况：

一、嫌疑人所犯数罪分别属于人民法院和公安机关或者人民检察院管辖的问题

嫌疑人犯有数罪,有的罪属于自诉案件的罪行,应当由人民法院管辖,另有的罪属于公诉案件的罪行,应该由公安机关或者人民检察院管辖。这是实践中常见的一类情形。对此如何处理,有不同的观点。其中,有一种观点主张,对这类管辖冲突问题,应该实行自诉罪行自动转化为公诉案件的方式,两部分罪行统一由对公诉罪行享有管辖权的公安机关或者人民检察院一并立案侦查,并且由人民检察院一并决定是否提起公诉。这种方式对提高诉讼效率和发挥侦查职能的优势,有力地打击犯罪有其合理性的一面。然而,其严重弊端同样显而易见,且弊大于利:这种做法违反刑事诉讼法基本原则,必定严重侵犯、甚至在事实上剥夺有关当事人的一系列重要诉讼权利。依据我国《刑事诉讼法》有关规定,在自诉案件中,被害人以及其他依法具有自诉主体资格的人有权提起自诉;自诉人在人民法院宣告判决前,有权自动撤回起诉;被告人在诉讼过程中,可以对自诉人提起反诉;对于告诉才处理的案件和被害人有证据证明的轻微刑事案件,人民法院可以进行调解,双方当事人在判决宣告前也可以自行和解;双方当事人如果不服第一审人民法院的判决,都有权提出上诉。但是,如果按照上述观点,将自诉罪行自动转为公诉案件的一部分,由人民检察院一并提起公诉,必将使得除被告人的上诉权以外的当事人的基本诉讼权利在事实上被剥夺殆尽,从而直接违背了刑事诉讼法所规定的保障诉讼参与人诉讼权利的基本原则。

笔者认为，解决此类案件管辖冲突的问题,既要考虑到司法机关的诉讼效率和对犯罪的有效打击,又必须切实贯彻保障诉讼参与人诉讼权利等基本原则,注意维护当事人的各项诉讼权利。总的原则是,对两部分罪行一般应该适用公诉罪行和自诉罪行管辖权限的法律规定,分别由有管辖权的机关立案调查,并适用不同的审判程序进行审理,数罪并罚,一并宣判。具体的解决办法有:第一,在人民法院受理公诉案件以后,自诉人根据《刑事诉讼法》第170条第三项的规定提起自诉。这类案件的性质和《刑事诉讼法》第18条第三款、第88条的精神决定了人民法院不得将自诉人的起诉推给公安机关或者人民检察院处理,而应当将两部分罪行分别适用公诉案件和自诉案件的第一审程序进行审理,数罪并罚,一并宣判。第二,公安机关、人民检察院在立案前的审查或者立案后的侦查中,发现嫌疑人还犯有或者又犯了属于《刑事诉讼法》第170条第一款和第二款所规定的罪行,被害人向侦查机关提出控告的,应当由立案机关将控告材料转给对公诉罪行有管辖权的人民法院,人民检察院对公诉罪行提起公诉以后,人民法院对两部分罪行分别适用公诉案件和自诉案件的审理程序,经过审理,一并做出裁判。人民检察院没有提起公诉的,人民法院就单独对自诉罪行进行审判。对于具有自诉主体资格的人由于受到强制、威胁而无法提起自诉的,则可以由对公诉罪行享有管辖权的公安机关或者人民检察院将两部分罪行一并作为公诉案件侦查。第三,人民法院在对告诉才处理的自诉案件和被害人有证据证明而提起自诉的轻微刑事案件进行审查和审理的过程中,发现被告人以前还犯有或者又犯了属于公诉案件的罪行,应当将该罪行的材料转给有管辖权的公安机关或者人民检察院。

二、犯罪嫌疑人犯有数罪,各罪分别属于公安机关和人民检察院管辖的问题

犯罪嫌疑人犯有数罪,各罪分别属于公安机关和人民检察院管辖的情形,可能发生在公安机关或者人民检察院立案之前,也可能发生于立案后的侦查过程中。对此,最高人民法院最高人民检察院公安部国家安全部司法部全国人大常委会法制工作委员会《关于刑事诉讼法实施中若干问题的规定》中确定了次罪随主罪管辖的原则。所谓主罪、次罪,要从数罪的性质、情节轻重、危害性的大小和法定刑的轻重以及可能判处刑罚的轻重等方面加以综合衡量。

三、一些特殊案件管辖冲突的解决办法

有的案件导致管辖冲突的原因不是以上典型所列。如公安机关和人民检察院在立案之前,由于双方对案件的定性存在重大分歧,也可能导致管辖不明甚至管辖冲突。例如,公安机关认为犯罪嫌疑人的行为属于贪污,应当由人民检察院管辖,而人民检察院则认为犯罪嫌疑人的行为不构成贪污罪而是盗窃罪,应该由公安机关管辖。遇到此类情况,两个机关首先应当协商解决。通过协商,仍然解决不了的,则应当由最先接到报案、举报、控告、自首等立案材料的机关立案侦查。经过侦查,依据查明的事实、证据和法律的有关规定,正确认定案件性质并做出妥当的处理。还有一种特殊情况,公安机关或者人民检察院在侦查过程中发现案件的性质与立案时所认定的性质不一致,可能对案件的职能管辖权问题带来一定的影响。比如,公安机关以盗窃罪立案,在侦查中却发现犯罪嫌疑人的行为构成贪污罪。对这种情形,原则上移送检察机关再行侦查。但如果是检察机关在立案时发现是职务犯罪案件，但在侦查中或移送审查起诉后发现案件并非职务犯罪案件，而为普通刑事案件，这种情况应区别情况进行处理，按照最高人民检察院《关于人民检察院立案侦查的案件改变定性后可否直接提起公诉问题的批复》，人民检察院立案侦查的案件在侦查阶段发现不属于自己管辖或者在审查起诉阶段发现事实不清、证据不足并且不属于自己管辖的，应当及时移送有管辖权的机关办理。人民检察院立案侦查时认为属于自己管辖的案件，到审查起诉阶段发现不属于人民检察院管辖的，如果证据确实、充分，符合起诉条件的，可以直接起诉。