实际操作上，是由合同持有双方(转让方、受让方)分别向各自主管税务机关缴纳。个别情况下，税务机关可以要求其中一方对另一方代扣代缴，或由第三方代扣代缴。

一、公司转让股权要交税吗

公司接受无偿转让股权需要交税。首先是股权转让方和受让方都要按照万分之五缴纳印花税，属于产权转移书据。其次，对于股权转让方，如果是自然人股东，需要按规定缴纳个人所得税，属于平价和低价转让的，不缴纳个人所得税，但是需要主管税务机关确认。

二、股权转让应该如何处理个税

自然人之间的股权转让，核心是对财产的交易，那就不可避免的涉及到个人所得税的问题，这次我们一起来了解一下，股权转让的个税处理问题：个人股权转让所得个人所得税以被投资企业所在地地税机关为主管税务机关。也就是说，股权转让所得纳税人需要在被投资企业所在地办理纳税申报。根据我国《股权转让所得个人所得税管理办法》的规定：“个人股权转让所得个人所得税，以股权转让方为纳税人，以受让方为扣缴义务人。”也就是说，股权转让的个税，卖股权的人是应纳税人，是应当缴纳税款的一方;买股权的人不用缴税，但是必须先扣掉卖股权的人应当缴纳的税钱。股权转让的纳税时间为股权转让行为发生后的次月15日内。以下情形为股权转让行为：出售股权;公司回购股权;发行人首次公开发行新股时，被投资企业股东将其持有的股份以公开发行方式一并向投资者发售;股权被司法或行政机关强制过户;以股权对外投资或进行其他非货币性交易;以股权抵偿债务;其他股权转移行为。

三、公司增值税发票税务证明怎么开?

如果单位是个税明细申报户，逐月办理了个人所得税明细申报，持有效身份证件到你单位缴纳个人所得税的主管地税机关申请开具；如果你单位不属于明细申报户，需带有效身份证件、书面申请报告(单位盖章)、单位财务部门提供的代扣代缴个人所得税明细（盖章），到主管地税机关申请开具。按照税法规定:代扣代缴个人所得税是扣缴义务人的法定义务，必须依法履行。扣缴义务人在代扣税款时，必须向纳税人开具税务机关统一印制的代扣代收税款凭证。对工资、薪金所得和利息、股息、红得所得等，因纳税人数众多、不便一一开具代收税款凭证的，经主管税务机关同意，可不开具代扣代收税款凭证，但应通过一定形式告知纳税人已扣税款。