在职期间可以申请劳动仲裁。

根据相关规定，员工在职可以申请劳动仲裁，但应当在一年的时效期间内申请，同时在职期间因拖欠劳动报酬发生争议的，不受仲裁时效限制。申请人申请仲裁应当提交书面仲裁申请，并按照被申请人人数提交副本。

申请劳动仲裁如下：

1、去当地人力资源和社会保障局内设立的劳动争议仲裁委，申请劳动仲裁，立案时需携带，仲裁申请书2份、申请人身份证复印件1份，相关证据复印件和证据清单2份，用人单位的工商登记信息；

2、提交材料后，5个工作日仲裁委给予立案，然后给双方举证期并且给对方答辩期；

3、开庭审理，之后对双方进行调解，调解不成仲裁委下达裁决书；

4、劳动仲裁一般60天内结案，对于裁决书不服，劳动者收到裁决书15天内可以起诉到法院；

5、可以不请当地律师代理，请专业人士提供远程指导服务并代写劳动仲裁申请书、证据清单等法律文书，并且申请劳动仲裁期间，不耽误劳动者去新单位工作。

员工在职期间患病公司该如何处理

（1）及时向卫生行政部门报告职业病病人

用人单位应建立职业病报告制度，责任到位，有人负责，当发现有职业病病人时，按照规定的时限和程序向卫生行政部门报告，不得虚报、漏报、拒报、迟报、伪造和篡改。

（2）向所在地劳动保障部门报告

用人单位出现职业病病人时，除按照规定的时限和程序向卫生行政部门报告外，同时还应向所在地劳动保障部门报告。

《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。

前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。

因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在本条第一款规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。

劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。