法律在审判阶段、审查起诉阶段、侦查阶段适用疑罪从无原则，存在彻底性、有倾向的选择性和被动性的差异，这种差异并非立法者的疏忽，而是在我国目前的政治经济状况和法律背景下，所必须保留的差异。也就是说，这种差异具有一定合理性：刑事诉讼侦查、审查起诉、审判三个阶段虽然分工不同，但却是互相配合，环环相扣，共同完成揭露犯罪、证实犯罪、惩罚犯罪的任务。虽然侦查终结、提起公诉、作出判决对证据的要求均是“确实、充分，”但事实上在前两个环节是很难真正做到“证据确实充分”的，否则就根本不存在检察机关不起诉、审判机关无罪判决的情形，也即所有的证据不足案件都应在侦查机关就已经终止。不能做到证据确实、充分，是因为犯罪具有隐蔽性、复杂性及不可再现性、证据的暴露状况不同、侦查手段和技术还有限制、侦查人员主观方面存在局限、人为原因或自然因素造成证据灭失等等。

对于疑罪，可能随着诉讼阶段的深入而使不足的证据得以获取，从而排除了疑罪之“疑”。即便最终仍旧证据不足，对于司法人员，也可以说是尽了最大努力。适用疑罪从无原则是以牺牲社会秩序为代价的，在调查取证方面付出的努力越多，诉讼阶段进行的越完全，“从无”就更加接近真实无罪，所付出的社会秩序代价就越少。这是我国在立法上没有彻底贯彻疑罪从无原则的本质原因。这种不彻底地贯彻疑罪从无原则是存在重大缺陷的，首当其冲就是诉讼成本的巨大浪费。其次是不利于国家侦查机关及司法人员证明犯罪的能力、技术水平的提高与改进。由于侦查机关适用疑罪从无原则的被动性和检察机关的有倾向性的选择性，造成在司法实践中极少有证据不足的案件在侦查机关结案，检察机关也一般倾向于选择起诉，把无罪认定的任务都交给了审判机关，最终形成大部分的“疑罪从无”案件均以审判机关无罪宣判的方式完成的局面。即使证据不足，侦查机关、检察机关在移送审查起诉意见书、起诉书等相关文书中都会写道“……上述犯罪事实清楚，证据确实充分……”，使不具备移送条件的案件在移送时具有了合法的形式，其实质危害是违反了侦查机关、检察机关、审判机关分工负责的原则，造成工作上的相互推诿。

随着社会的发展和法律体系的不断完善，应当在刑事诉讼法中彻底贯彻疑罪从无原则。彻底与否关系到能否真正发挥这一原则的优势，关系到保障人权是否只是一句口号形式的空话。彻底贯彻该原则要求：对检察机关，将“可以不起诉”修改为“应当不起诉”，取消检察机关的选择权；对侦查机关，明确赋予其在侦查期限届满对证据不足的案件直接予以撤销的权利。只有这样，才能保证侦查机关、检察机关和审判机关能够真正享有平等适用“疑罪从无”原则的权利。当然，不可否认，我国疑罪从无原则的立法现状还是适合目前的国情国力的，在现有经济状况下，一味强调该原则适用的彻底性有揠苗助长之嫌，不一定能收到良好的社会效果。其结果非但不是最大限度地保护了人权，反而是更多地放纵了犯罪。疑罪从无原则在我国仍处于较低水平的阶段，但随着法制的不断完善，彻底贯彻疑罪从无原则乃是大势所趋。

总之，疑罪从无原则的确立，是我国刑事诉讼制度的一大进步，它强调了对犯罪嫌疑人、被告人权利的保护，是避免冤假错案的一项重要措施。我国疑罪从无原则的现行适用方式体现了该原则的本质内涵，既符合我国的现状，又具有相当大的发展空间。随着社会的进步，疑罪从无原则的优势必将得到越来越充分地发挥。