依据法律规定，我提供以下两点意见供参考。

一，关于违约金问题。

我们知道，劳动合同除必备条款外，用人单位与劳动者可以约定试用期、培训、保守秘密、补充保险和福利待遇等其他事项，但《劳动合同法》第二十五条明确规定：除本法第二十二条和第二十三条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。

也就是说，用人单位可设置违约金的只有两种情形：一是《劳动合同法》第二十二条规定，用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。二是《劳动合同法》第二十三条规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。

以前，确实存在一些单位乱设服务期和违约金的现象，提供住房、交通、户口往往成为一个主要理由，而随着《劳动合同法》的出台，这个方面应该讲已经很明确了，即仅限于上述两种情形，凡是与法律规定不符合的，排除他人权益的约定都是无效的。

二，关于是否违约问题。

诚然，如果劳动者违反服务期约定的(主要是辞职)，当然应按约定向单位支付违约金，现在暂不论你们的约定是否有效，问题是，职工生病不上班是否构成违约?我们知道，职工有生病的权利，只要在规定的医疗期内，单位不得解除合同或不提供工资或社保待遇;同理，职工不上班，还有可能是产假、哺乳假等各种法定情形，如果职工一旦出现这些情形就算违约，就要赔钱，显然与我国法律保护这部分职工权益的初衷是不一致的。

综合你的问题，我个人看法，一是你们的约定并不生效，二是你处于医疗期内，有合法正当的不提供劳动的理由，单位不能就此认定你违约。当然，如果你们约定有效，且合同明确约定“必须以实际上班时间”来计算服务期，即病假、产假等期间算“中止”，服务期内要剔除这些实际未上班的日子。这个问题或许会引发一定的争议。