如上所述，公司的行政解散和司法解散的最终结局是公司终结法人地位退出市场。单从这种结局来看两种制度并无二致，但由于不同的立法宗旨，两种制度在多个方面上表现出了较大的差异。

(一)解散的法定事由不同

行政解散考虑的法定事由是针对公司存续对社会公共利益、经济秩序的影响，如公司设立的目的违法;无正当理由未开业，或者开业后自行停业超过法律规定的期限;公司董事会、董事、经理等经营机构和人员的违法行为等。与此不同，公司司法解散制度的法定事由是针对公司的内部性问题而确定的，所以其适用范围是狭窄的。只有当业务的停滞、公司经营的不能等经营管理发生严重困难，继续存续会使股东、公司相关利益者利益受到重大损失，通过其他途径又无法解决的时候方可启动司法解散。

(二)解散权的主体不同

公司行政解散是通过国家行政公权力的作用欲达到社会公益的维护和经济秩序的维持目的的制度安排，是国家公权力积极干预经济活动的一种形式。因此，公司行政解散权主体只能是与公司设立、活动相关的国家行政机关，如我国的工商登记机关和公司相关的其他主管行政机关。当然，日本、韩国等国中类似于我国行政解散制度的命令公司解散权是由法院行使的，但该等国家中法院起初就是公司登记机构，所以，对法院的命令解散权不能仅以法院的行为而简单理解为是司法权，应该是扩大理解或解释为非典型行政机构行使的行政权。司法解散制度是因公司经营管理发生严重困难，继续存续会使股东利益受到重大损失，通过其他途径不能解决时，法院根据股东或利益相关者的请求而参与解散公司的制度安排，是司法权被动参与进经济活动的一种形式。因此，公司司法解散权主体只能是拥有司法权的法院。

(三)解散请求权者不同

公司行政解散是出自于社会公共利益的维护而制定的制度，从而，公司经营行为严重违反了市场管理、税收、劳动、社会保障、资源、环境保护等对公司行为进行规制的法律法规和规章时，有关违法事项的主管机关做出决定以终止其主体资格。在不同的法规、规章中，解散、撤销、吊销、责令停产停业、关闭等行政性解散措施是由多个行政机关单独或协助实施的。与此相适应，相对行政机关能够行使行政解散请求权的主体范围是比较广的。公司司法解散制度是以维护公司股东利益而制定的，所以，享有司法解散请求权的主体仅限于公司股东或公司的直接利害关系者。同时，为防止股东滥用请求权都有限制性规定，如我国《公司法》规定，持有公司股东表决权10%以上的股东。

(四)解散程序不同

行政解散是依据解散命令或决定而解散的，因此，依据非诉讼的行政程序解散公司。当然，日、韩等国中类似于我国公司行政命令的公司命令解散是由法院来完成的，但这种命令抑或程序在我国法律制度境况中理解时无论如何也不能视为是法院的司法裁决，只能理解为是一种司法机构的行政性措施。公司司法解散是围绕私权利救济而发生的诉讼案件，所以，必须依据民事诉讼法规定的民事诉讼程序来完成。由此可见，判定行政解散的核心程序是行政职权主义，司法解散的核心程序是辩论主义。

(五)解散效力不同

公司行政解散和公司司法解散是相同结局而不同制度体系范畴的解散制度，即前者属行政性制度范畴而后者属司法性制度范畴。由此，两种不同解散制度在解散效力上显现出了很大的差异。在行政解散决定中行政请求权者或行政权实施者在做出解散请求或决定中只要是存有故意或过失给公司造成损失必须承担行政赔偿责任，而在司法解散中解散请求权者即原告即使是败诉也只是主观上有恶意或重大过失时才对公司承担民事赔偿责任。