（一）以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；（二）以非货币性资产出资方式取得的股权，按照税务机关认可或核定的投资入股时非货币性资产价格与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；（三）通过无偿让渡方式取得股权，具备规定情形的，按取得股权发生的合理税费与原持有人的股权原值之和确认股权原值；（四）被投资企业以资本公积、盈余公积、未分配利润转增股本，依法缴纳个人所得税的，以转增额和相关税费之和确认其新转增股本的股权原值。

股权转让协议部分无效如何确定

确认股权转让无效的方式具体如下：

一、股权转让合同无效的一般认定原则：

（1）股权转让合同的订立不得违反法律、法规的限制性规定。有限公司股东向股东以外的人转让股权，合同的订立应遵守《公司法》程序上的要求。有限公司的股东向股东以外的人转让其出资时，必须经全体股东过半数同意，不同意转让的股东应当购买该转让的出资，如果不购买该转让的出资，视为同意转让；

（2）经股东同意转让的出资，在同等条件下，其他股东对该出资有优先购买权。因此征得股东同意转让以及股东对股权的优先购买权属公司法规定的转让程序，转让股权的股东应履行通知义务，以及在同等条件下将股权转让其他股东的义务，未经上述程序而签订的股权转让合同，因程序上的瑕疵应被认定无效或被撤销；

（3）转让时间、转让主体、受让主体的错误也可导致转让合同无效或被撤销。国家法律、法规、政策规定的不得从事营利性活动的主体，亦不得受让公司股权成为公司的股东，例如各国家行政机关的领导干部。

（4）因该转让合同违反了《公司法》关于股份公司发起人持有本公司股份自公司成立之日起三年内不得转让的规定；

（5）违反公司董事、监事、经理持有的本公司股份在任职期间内不得转让的规定。

二、其他具体股权转让合同效力规定：

1、股权转让使股份集中于股东一人名下时的合同效力：

（1）根据我国《公司法》的有关规定，确认合同无效必须以违反法律和行政法规的禁止性规定为依据。股份转让协议，除标的为股权这一特殊性外，其余与一般合同并无二致，故其效力判断仍应遵循合同效力判断的一般规则。依据《公司法》的规定，属于对公司设立时人数的要求，并未涉及公司在合法设立后因股权转让而产生的人数问题。因此，以公司设立的法律要求来判断公司设立以后的股权转让行为的效力，并不妥当。依《公司法》规定，股东可以自由转让股份，且还享有优先受偿权。

（2）股东间股份自由转让，并非导致产生一人公司的结果。事实上，公司股份因转让的原因而集中于股东一人名下时，该名股东可以通过以下形式处理后续事务：一种是积极的方式。即寻找或吸纳新的股东，使其重新符合《公司法》对公司股东人数的要求；另一种方式是对公司进行清理后予以注销，如果该股东既不吸纳新的股东，也不及时办理有关手续时，该股东并不因此解除其应承担的法律责任。

（3）如确认该类协议无效，将不利于经济秩序的稳定和交易安全。现实中，许多公司会处于表决僵局。在这种情况下，《公司法》并未赋予其他股东强制解散的请求权。

2、未出资或出资不足以及抽逃出资的股东与他人签订的股权转让的合同效力：

关于股东在公司设立时未出资或未足额出资，或者在公司设立后抽逃出资的，其与他人签订的股权转让合同是否有效的问题，有两种观点：

（1）第一种观点认为，应当认定股权转让当然无效。理由是，股东是向公司投入资金并依法享有权利、承担义务的人，基于股东地位而对公司主张的权利，为股东权。股份的原始取得，以对公司出资为必要条件。认股人也只有在履行缴纳股款的义务后，才能取得股权，享有股东地位。因此股东未出资意味着不具备股东资格，因此所签订的股权转让合同当然无效；

（2）第二种观点认为，应视该公司是实行实缴资本制还是认缴资本制而定，在实行实缴资本制的公司中，股东缴足注册资本后才能成立公司。因此只有出资的认股人才能成为股东，未出资的认股人不能成为股东。末出资的股权人转让“股权”的行为当然无效；而在实行认缴资本制的公司中，公司成立时的认股人只要实际交付部分出资成为股东，股东未按约定交足出资的，应承担出资不足的责任，但不影响其股东地位，其转让股权行为有效。

（3）这些情况下合同是否有效，关键在于出让是否对受让人构成欺诈，以及受让人是否主张权利，如果出让人未告之受让人注册资本或现有资本的真实情况，出让人对此也不明知或应知的，受让人可以以欺诈为由主张合同无效或撤销合同。

3、以转让股权中部分权能为内容的股权转让合同的效力：

以转让股权中剩余财产分配权、表决权等为内容的股权转让合同是否有效，在学术界有不同的观点：

（1）一种观点认为，股东权益包括盈余分配请求权，利息分配请求权和剩余财产分配请求权等自益权。是一种金钱债权，属于私权，可以转让；

（2）另一种观点认为，股权是因股东地位而享有的社会社员权，即包括盈余分配等自益权也包含表决权和提起诉讼等公益权。因此，股权是由多种权利组成，但不能分离其中一部分转让；

（3）就股权中包含的各种抽象权能，即期待性权利的转让而言，否定说是合理的，即不能部分转让。

《中华人民共和国公司法》第四条公司股东依法享有资产收益、参与重大决策和选择管理者等权利。