公司设立瑕疵法律后果有：对虚报注册资本的公司，会被处罚虚报注册资本金额5％以上15％以下的罚款；对提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实的公司，会被处罚5万元以上50万元以下的罚款；情节严重的，撤销公司登记或者吊销营业执照。

公司设立瑕疵出资的原因

1、法定资本模式所致

2006年《公司法》颁布以后，一些人存在着这样一种错误的认识：我国《公司法》已经改变传统法定资本制的模式，而采纳了授权资本制模式了。认为我国实行的仍然是法定资本制度，只是对其进行了一些细微的改动，但这并没有改变法定资本制的本质。

法定资本制与授权资本制两者最主要的区别在于：法律是否规定了公司注册资本的最低限额和资本总额是否在公司登记时必须有股东认足。

我国《公司法》在第26、81条分别规定了有限责任公司和股份有限公司的最低注册资本总额。同时，规定公司最低注册资本总额必须有全体股东认缴或认购，其中采取募集方式设立的股份有限公司，其注册资本必须为实收资本。我国《公司法》虽然在较大程度上降低了资本的门槛，但仍然保留了注册资本最低限额的要求；虽然改变1993年《公司法》实缴制度的做法，实行分期缴纳制度，但仍然要求必须在登记之前认足注册的资本总额。所以，我国仍然实行的是法定资本制度模式。

由于《公司法》普遍要求公司设立时的最低资本额以及全部或部分比例的实缴资本到位，有时还要求相应的部门以及人员进行验资，从而使得法定资本模式下因资本瑕疵所引发的瑕疵公司情形较为普遍。而授权资本模式下，由于公司设立很少有最低资本额的法定要求，更不存在应缴资本比例以及验资等法定要求，故公司设立尽管也需要注册资本或股份，但至少公司不会因为股东所缴资本的多寡而难以成立，因而授权资本模式下资本瑕疵并不常见。

2、公司设立实质审查制度流于形式所致

在各国法律规定中，公司登记的审查制度主要有三种：

一是形式审查制

形式审查制是对企业的登记申请，登记机关只对申请人提交的申请档进行形式上的审查，对申请文件中所列事项是否真实，登记机关不作实质上的调查与核实。实行形式审查制的国家，登记机关对登记事项并不承担保证真实的责任，登记事项是否真实、准确，由交易相对人自己判断或了解，但法律要求登记申请人作出登记申请事项真实的保证。

二是实质审查制

实质审查制指对企业的登记申请，登一记机关不但要对申请档进行形式审查，而且要对登记项目真实与否进行实质上的审查。审查通过的，进行注册登记，颁发企业法人营业执照；审查没有通过的，予以驳回。在实质审查制中，审查机关的责任较重，工作量也较大。因此，许多国家一般不采取此种方式。

三是折衷审查制

折衷审查制是登记机关对企业登记事项有实质审查的职权，但没有必须进行实质审查的义务。登记不能作为推定已登记事项为真实的基础，其证据力如何，仍须由法院的裁判来决定。

目前我国的公司登记制度采用的是实质审查制度，登记机关要对企业的登记事项如登记内容进行从形式到内容的严格审查。其优点是能够避免一些不具备条件的经营者混入合法经营者的队伍，保证市场主体的规范性，减少交易成本，保障交易安全。但我国公司登记过程中的实质审查往往流于形式，往往对公司提供的验资证明、场地使用证明、法定代表人的真实情况缺乏准确无误的严格审查，因而产生登记瑕疵。

《中华人民共和国公司法》第一百九十八条

违反本法规定，虚报注册资本、提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实取得公司登记的，由公司登记机关责令改正，对虚报注册资本的公司，处以虚报注册资本金额百分之五以上百分之十五以下的罚款；对提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实的公司，处以五万元以上五十万元以下的罚款；情节严重的，撤销公司登记或者吊销营业执照。