1、要补办农村宅基地房产证的，需要向房屋所在地不动产登记机构提出申请，并且提交以下证明材料：

（1）书面申请书原件；

（2）申请人身份证明；

（3）原登记机构出具的已领证说明原件(登记部门可以确认申请人已领取证书的除外)；

（4）已设定他项权利或预告登记的，应出具权利人提供同意办理遗失登记的书面证明原件；

（5）刊登《证书遗失声明》的报纸原件；

（6）登记部门提供房屋登记表、房产平面图(申请人确认)。

2、法律依据：《不动产登记暂行条例实施细则》第二十二条

不动产权属证书或者不动产登记证明污损、破损的，当事人可以向不动产登记机构申请换发。符合换发条件的，不动产登记机构应当予以换发，并收回原不动产权属证书或者不动产登记证明。

不动产权属证书或者不动产登记证明遗失、灭失，不动产权利人申请补发的，由不动产登记机构在其门户网站上刊发不动产权利人的遗失、灭失声明15个工作日后，予以补发。

不动产登记机构补发不动产权属证书或者不动产登记证明的，应当将补发不动产权属证书或者不动产登记证明的事项记载于不动产登记簿，并在不动产权属证书或者不动产登记证明上注明“补发”字样。

一、宅基地纠纷确权可以通过什么方式

1、由宅基地的使用权人，也就是现在在使用宅基地的人，领取由当地的土地管理部门印发的《农村宅基地使用权申报登记表》，这个是一家的一个宅基地只能填写一份，这就意味着，如果有两个以上宅基地的农民只能确权一处宅基地。

2、村民使用的宅基地还要当地村委会或者镇政府出具土地来源的证明，比如宅基地的审批手续，房屋的规划许可证等手续。

3、当地的国土部门根据农民的申请，对农民自有的宅基地范围、界线、权属性质、用途等情况进行实地调查、记录并经相邻各方认定，填写宅基地地籍调查表，绘制宗地草图，为地籍测量作准备。村里最近常见的测量队，他们主要负责对农民的宅基地界定位置。

4、测量过程中，还要组织这块地的相邻地块的农民一起去现场指认各自界限，并且在双方都认可的界限、界址点共同签名盖章。

5、测量完毕，经土地主管部门审核，认为界限清楚没有争议的进行公告。并写明如谁对这块宅基地有异议的要在多久提出。

6、经过公告，而且没有人提出异议的宅基地，在公告期满后，由当地县政府签发农村宅基地使用权证。至此，农民才算是拿到了宅基地使用权证，这块宅基地才能算是农民所有的。