如果对证据不足的案件进行结案的问题，分为侦查阶段、审查起诉阶段、审判阶段三个不同的情况。

（1）在侦查阶段，依据《刑事诉讼法》的规定，在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件；犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民检察院。

（2）在审查起诉阶段，对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十五条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。不起诉的决定，应当公开宣布，并且将不起诉决定书送达被不起诉人和他的所在单位。如果被不起诉人在押，应当立即释放。

（3）在审判阶段，在人民法院宣告判决前，人民检察院发现证据不足或证据发生变化，不符合起诉条件的，可以撤回起诉。对于撤回起诉的案件，人民检察院应当在撤回起诉后三十日以内作出不起诉决定。需要重新侦查的，应当在作出不起诉决定后将案卷材料退回公安机关，建议公安机关重新侦查并书面说明理由。

一、不起诉决定的相关处理

根据法律规定：《刑事诉讼法》第一百六十一条在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件；犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民检察院。《刑事诉讼法》第一百七十一条

对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。《刑事诉讼法》第一百七十三条犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十五条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。

二、不起诉决定的三种方式

《刑事诉讼法》第一百七十四条不起诉的决定，应当公开宣布，并且将不起诉决定书送达被不起诉人和他的所在单位。如果被不起诉人在押，应当立即释放。在具体的过程中，有三种方式可以采用：

1.公安机关可以调解结案。对原来认为“证据不足”的轻伤害案件经公安机关立案侦查终结后，应出具侦查终结报告书，送达双方当事人，并可对双方当事人进行说服教育，在双方当事人自愿的前提下，由双方当事人各自向公安机关写出调解申请书，在此基础上，公安机关可以组织调解结案。这样便于稳定双方情绪，及时化解矛盾。

2.由被害人提起自诉。对基本事实清楚、基本证据确实充分、且公安机关一时又不能说服双方当事人自愿调解的一般轻伤害案件，公安机关应当告知受害人向人民法院提起刑事附带民事诉讼。对公安机关侦查后认为伤害证据仍然不足，或难以查清，或公安机关不认为是犯罪的轻伤害案件，公安机关应当告知被害人向人民法院提起民事诉讼，要求对方承担民事责任。

3.

对特殊案件实行“有限公诉”。即对符合上述一般公诉条件，案情复杂、社会影响或危害较大、公安机关已对被告人采取了强制措施、可以判处刑罚的轻伤害案件，公安机关应该将案件尽快移送检察机关依法提起公诉。