1、鉴定的法律依据、鉴定范围不同。医疗事故鉴定的法律依据是《医疗事故处理条例》，医疗事故鉴定是指国务院和有关医疗主管机构为了科学划分医疗事故等级，正确处理医疗事故争议，保护患者和医疗机构及其医务人员的合法权益，所进行的有关医疗方面的鉴定。

司法鉴定是指在诉讼活动中鉴定人运用科学技术或者专门知识对诉讼涉及的专门性问题进行鉴别和判断并提供鉴定意见的活动。司法鉴定一般包括法医类鉴定、物证类鉴定、声像资料鉴定等。法医类鉴定包括法医病理鉴定、法医临床鉴定、法医精神病鉴定、法医物证鉴定和法医毒物鉴定。物证类鉴定，包括文书鉴定、痕迹鉴定和微量鉴定。

声像资料鉴定，包括对录音带、录像带、磁盘、光盘、图片等载体上记录的声音、图像信息的真实性、完整性及其所反映的情况过程进行的鉴定和对记录的声音、图像中的语言、人体、物体作出种类或者同一认定。

医疗事故鉴定主要是对人身损害进行的鉴定，而司法鉴定包括人身损害鉴定和人身损害之外的鉴定。

2、人身损害鉴定标准不同。医疗事故鉴定的标准是为《医疗事故分级标准（试行）》。司法鉴定的标准为最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家安全部、司法部联合发布《人体损伤致残程度分级》。医疗事故鉴定与司法鉴定两者定残的标准不一样。

3、两者鉴定的角度不同。医疗事故鉴定的角度主要是从医疗技术的角度进行鉴定，依据是《医疗事故技术鉴定暂行办法》，医疗事故鉴定主要是从技术层面进行分析。而司法鉴定的角度，是分析行为与损害后果之间是否存在因果关系，行为人是否有过错。技术分析与过错分析是不相同的，有些案件，从技术上看没有问题，但存在过错，有过错就要承担责任。

一、医疗事故鉴定的流程

委托：医鉴办接受两种形式的委托：医患双方当事人共同委托；卫生行政部门交由医学会组织鉴定的委托。

受理：医鉴办接到委托书后，进行审核并出具受理通知书，自受理之日起5日内，通知双方当事人提供鉴定所需的材料：

组成鉴定组：医鉴办根据事故争议所涉及的学科，确定专家鉴定组的构成和人数，原则上至少为3人以上的单数，主要学科的专家不少于专家鉴定组成员的1／2。

组织鉴定：医鉴办在召开鉴定会前1周内通知医、患、鉴定专家三方。出席鉴定的双方当事人每一方人数不得超过3人。专家组进行讨论，经合议根据半数以上专家鉴定组成员的一致意见形成鉴定结论，并制作《医疗事故技术鉴定书》。

再次鉴定：任何一方当事人对首次医疗事故技术鉴定结论不服的，可以自收到首次鉴定书之日起15日内，向原受理申请的卫生行政部门提出再次鉴定的申请，或由双方当事人共同委托省、自治区、直辖市医学会组织再次鉴定。

相关法律规定：

《医疗事故处理条例》

第二十四条：医疗事故技术鉴定，由负责组织医疗事故技术鉴定工作的医学会组织专家鉴定组进行。参加医疗事故技术鉴定的相关专业的专家，由医患双方在医学会主持下从专家库中随机抽取。

在特殊情况下，医学会根据医疗事故技术鉴定工作的需要，可以组织医患双方在其他医学会建立的专家库中随机抽取相关专业的专家参加鉴定或者函件咨询。符合本条例第二十三条规定条件的医疗卫生专业技术人员和法医有义务受聘进入专家库，并承担医疗事故技术鉴定工作。