(一)股东资格确认问题

股东资格是行使股东权与被要求履行股东义务的基础，不少公司纠纷案件往往以股东资格的确认为基础，甚至其他债权债务纠纷案件也涉及到股东的资格问题。实践中主要有两类问题。一类是请求确认自己不是股东，比较多的情况是签名被冒用引起的纠纷。虽然直接要求确认不属于股东的诉讼不多，但在债权人以股东履行法定出资义务为由的追索案件中常常成为抗辩理由。此外，在将来的清算案件中可能也会广泛出现。另一类诉讼是实际出资人要求确认股东身份。这种争议案件的事实情况非常复杂。在相关主体之间存在协议的情形下，问题主要是协议在双方之间的效力与协议对外效力问题。另外，在合作股权投资中，也可能因为存在资金合作的投资者争议引发股权确认之诉。尽管司法实践中基本形成了“内外”效力区分对待的思路，但仍然存在不少问题。包括公司登记文件或者公司章程等的记载与投资者之间内部约定存在差异的问题、股东资格确认可依赖的主要依据以及基本依据问题、股权发生变动情形下的股东资格问题等。

(二)股东除名约定争议

在有限责任公司章程的实践中，有时会存在股东除名条款。对于章程约定股东除名条款的效力问题争议很大。有的观点认为股东的身份是法定的，不可以通过约定方式剥夺，也有观点认为，以有限公司人合性为理由主张约定条款效力可以得到支持。实践中，约定除名条款的公司的类型也有所不同，在某些具有股东身份要求的公司(如会计师事务所、资产评估事务所等)中，约定存在合理性。不过，如果除名条款可以认定，那么除名条款的实施又是可能发生争议的问题，如是允许收购还是委托第三人代持，是按照出资数额收购还是按照评估价格收购等。

(三)股东控制权争议

股东之间的控制权之争往往引发公司诉讼。股东之间的争议不仅仅表现为小股东的利益保护，也往往成为公司代表权之争与公司实际控制权之争。尽管《公司法》规定了不同机构的权限，也规定了法定代表人制度，但仍可能产生不同公司内部机构及其成员控制权的分配问题，甚至可能产生谁有权控制公司帐册、公司印章等具体问题。

(四)股东会与董事会决议效力争议

股东会与董事会会议首先可能发生的争议是会议的程序问题，包括股东会与董事会的召集权争议、召集程序争议问题，其次还包括决议效力争议。对于效力问题，《公司法》规定了无效与可撤销两种类型，实践中则出现要求确认股东会决议有效的诉讼，对于法院是否可以作出裁定股东大会、董事会决议有效的裁定存在不同见解。

(五)股东知情权诉讼

股东知情权纠纷案件的数量正体现出上升趋势。从统计看，多数案件得到支持。容易引起争议的是特殊身份股东的知情权、股东身份持续与诉讼主体资格问题、股东知情权的司法救济标准与股东知情权的边界等问题。