变造金融机构经营许可证罪的惩罚有：行为人构成该罪，一般犯罪情节，会判处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或单处罚金；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。单位构成该罪的，对单位判处刑罚，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处上述刑罚。

法律依据：

《中华人民共和国刑法》第一百七十四条未经国家有关主管部门批准，擅自设立商业银行、证券交易所、期货交易所、证券公司、期货经纪公司、保险公司或者其他金融机构的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处二万元以上二十万元以下罚金；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金。伪造、变造、转让商业银行或者其他金融机构经营许可证的，依照前款的规定处罚。单位犯前两款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照第一款的规定处罚。

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《中华人民共和国刑法》（2020修正）：第二编　分则 第三章　破坏社会主义市场经济秩序罪 第四节　破坏金融管理秩序罪　　　　第一百七十四条　未经国家有关主管部门批准，擅自设立商业银行、证券交易所、期货交易所、证券公司、期货经纪公司、保险公司或者其他金融机构的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处二万元以上二十万元以下罚金；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金。\n伪造、变造、转让商业银行、证券交易所、期货交易所、证券公司、期货经纪公司、保险公司或者其他金融机构的经营许可证或者批准文件的，依照前款的规定处罚。\n单位犯前两款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照第一款的规定处罚。