行政诉讼举证责任的确立直接源于《行政诉讼法》的明文规定。但法律并不是随意加以制定的，这一条文的背后蕴含着深厚的法理基础：

第一，被告负举证责任是依法行政原则的应有内涵。依法行政原则是行政法的基本原则。依法行政原则要求行政机关行使行政职权必须依据法律、符合法律，不得与法律相抵触。行政机关作出行政行为不仅要依据实体法，而且要依据程序法，即行政行为必须符合法定程序。行政行为符合法定程序的一个最基本规则是"先取证，后裁决"，即行政机关在作出裁决之前，应当充分收集证据，然根据事实、对照法律作出裁决，而不能在毫无证据的情况下，对公民、法人或者其他组织作出行政行为。因此，当行政机关作出的行政行为被诉至法院时，应当能够有充分的证据证明其合法性。这是被告承担行政诉讼举证责任的基础。

第二，作为被告的行政机关与原告相比具有举证优势。在行政程序中，行政机关处于主动地位，一般情况下，依其单方面意思表示即能引起行政法律关系的发生、变更或消灭;而公民、法人或者其他组织则处于被动地位。由于行政法律关系中双方当事人地位的不同，原告无法或者很难收集到证据，即使收集到，也可能难以保全。在一些特定情况下，原告甚至几乎没有举证能力。相对于原告而言，具备专业知识和技术条件的行政机关则具有更优越、更现实、更充分的举证能力。拉丁法谚云："法律不强人所难".因此，从举证难易方面来考虑，由被告负举证责任是公允、合理的。

第三，由被告负举证责任并不违背"谁主张、谁举证"的一般原理，而恰恰是这一原理在行政诉讼领域的特殊体现。从形式上来看，原告似乎处于主张者的位置，它主张的是某一特定具体行政行为的违法性。但是，从事物的内在规定性来看，"违法性"是对"合法性"的否定。合法性属于积极事实，违法性属于消极事实。积极事实是肯定自身而否定外在的一切事实，范围较小，容易记明;消极事实是否定自身而肯定外在的一切事实，范围较大，难以证明。从公平原则和揭示案件事实真相的理想要求的角度出发，立法者通常规定，对于一物两面的事实，由主张积极事实的当事人而不是由主张消极事实的当事人负担举证责任。把行政诉讼程序和先前的行政程序联系起来看，提出积极事实，主张具体行政行为具有合法性的正是作出该行为的被告行政机关，被告行政机关当然应该提出证据负责证明其主张的成立。

第四，由被告负举证责任，还有立法政策上的考量和行政导向方面的意义。如前所述，从法律设置举证责任的目的来看，主要是为了解决当案件事实处于真伪不明状态时，法院应当如何作出裁判的问题，即解决这种真伪不明状态引起的不利诉讼结果的归属问题。在诉讼中，法院要依据相关的实体法来确认当事人主张的权利或法律关系是否存在，而这种确认又必须借助对一定案件事实存在与否的判断来完成。但是，并非所有的事实都能够查明，事实真伪不明是一种无法避免的客观存在。当真实真伪不明时，诉讼不能就此无限期拖延下去，法院仍然需要适用法律对案件作出裁判。随之而来的问题是，法院应当假定该不明事实存在，还是假定其不存在?这是作出裁判前必须作出的选择。解决这一棘手问题的合理办法是设置推定规则，即当基础事实(已知事实)存在时，法律推定另一事实(未知事实)存在或者不存在。

事实上，法院的审判活动不仅仅是一种查明案件事实真相的认识活动，而且更是一种选择和实现法律价值的过程。行政诉讼要解决的问题是具体行政行为是否合法，从行政诉讼的立法目的即保护公民、法人和其他组织的合法权益出发，摆在立法者面前的唯一合理的选择是设置被诉具体行政行为违法推定原则：当行政机关的具体行政行为被诉至法院时，法律推定被诉具体行政行为是违法的，除非行政机关能够提供充分的证据推翻推定事实(具体行政行为违法)的存在，即行政机关以证据证明所作出的具体行政行为是合法的。当行政机关不提供或不能提供证据证明具体行政行为合法而使该案事实处于真伪不明状态时，法院只能判决行政机关承担败诉的后果。由被告承担举证责任所具有的行政导向方面的意义在于，有利于督促行政机关依法行政、促使其严格遵守"先取证，后裁决"的程序规则，以充分实现行政诉讼法的立法目的。