(一)本罪与伪证罪共犯的界限

妨害作证罪可以发生在刑事诉讼活动中，也可以发生在民事诉讼、经济诉讼或行政诉讼中，范围较广。但是如果行为人在刑事侦查或审判过程中，采用强迫、威胁、唆使或贿买等方法使证人作伪证，而且证人构成伪证罪的，行为人构成伪证罪的共同犯罪;证人没有构成伪证罪，行为人如果是辩沪人、诉讼代理人则构成妨害刑事证据罪。如果证人是不具备刑事责任能力的人，则行为人单独构成伪证罪或妨害刑事证据罪。

(二)本罪与伪证罪的界限

这两个罪在客观上都侵犯了国家司法机关正常的司法诉讼活动，都有可能发生在诉讼活动领域，但是两者仍具有明显的差别，主要体现在下列几个方面:

(1)主体不同。妨害作证罪的主体要件是一般主体;而伪证罪的主体要件仅限于证人、鉴定人、翻译人、记录人四种，属特殊主体。

(2)主观方面不同。妨害作证罪与伪证罪虽同是直接故意犯罪，但具体罪过内容和犯罪目的不同。前者一般是出于为自己或他人谋利的目的;而后者则出于出人人罪的目的。

(3)客观方面不同。妨害作证罪客观方面表现为实施妨害证人依法作证或指使他人作伪证的行为;而伪证罪的客观方面则表现为在刑事诉讼中对与案件有重要关系的情节作虚假的陈述。

(4)发生的时间、空间不同。妨害作证罪可以发生在诉讼提起之前，也可以发生在诉讼活动过程中，既可以发生在刑事诉讼活动中，也可以发生往民事、行政诉讼活动中，发案范围较广;而伪证罪则只能发生在刑事诉讼活动中，发案范围较窄。

一、容易混淆的主要罪名：

（一）辩护人、诉讼代理人毁灭证据、伪造证据、妨害作证罪与妨害作证罪

这两种罪行虽然侵害的同类客体均为司法机关的正常诉讼活动，社会危害结果都与证据相关联，主观方面也都表现为故意。这两者区别的关键在于，前者的行为主体特定为辩护人、诉讼代理人；而后者主体则没有这一特指。前者行为须特定在刑事诉讼过程中，而后者则没有这一特别的规定。前者具体行为方式表现为毁灭、伪造证据，帮助当事人毁灭、伪造证据，威胁、引诱证人违背事实改变证言或者作伪证，并不包括阻止证人作证的行为；而后者的具体行为方式表现为阻止证人作证或者指使他人作伪证的行为。

（二）辩护人、诉讼代理人毁灭证据、伪造证据妨害、作证罪与伪证罪

这两种罪行虽然侵害的同类客体均为司法机关的正常诉讼活动，结果都与证据有关，其行为都发生在刑事诉讼过程中，主观方面也都表现为故意。但前者的行为主体为辩护人、诉讼代理人；而后者的行为主体为证人、鉴定人、记录人、翻译人。前者的具体行为方式表现为毁灭、伪造证据，帮助当事人毁灭、伪造证据，威胁、引诱证人违背事实改变证言或者作伪证；而后者的具体行为方式则表现为对与案件有重要关系的情节，故意做虚假证明、鉴定、记录、翻译。