专利入股合作支公司签订专利协议书流程如下：

1、签订转让合同；

2、到专利局办理登记手续，并由专利局公告，合同自登记之日起生效；

3、若专利申请人为两个或者两个以上的人，专利申请权的转让必须经全体权利人同意，中国单位或者个人向外国人转让专利申请权或者专利权的，必须经国务院对外经济贸易主管部门会同国务院科学技术行政部门批准。

专利入股的注意事项

在专利技术入股的操作中需要注意如下几方面的问题：

第一，在实践中以专利技术入股的形式，包括用专利权入股的、以专利实施权入股的，还有把专利申请权也视为专利技术作价入股。根据新《公司法》第27条的规定股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资；但是，法律、行政法规规定不得作为出资的财产除外。我认为此三项出资形式都是可行的，但实践中对于用后两种方式入股的，在一些问题的处理上还是存在一定的法律障碍的，比如将出资转让的问题等。所以首先应该明确以专利技术入股的形式，当然，为了减少将来不必要的纠纷，我们应该首推以专利权入股。

第二，注意以专利权入股需完成以下出资手续方可认定出资无瑕疵，首先须对专利的价值进行评估，然后专利权人依据设立公司的合同和章程到专利局办理专利权转移于被投资的公司的登记和公告手续，工商登记机关凭专利权转移的手续确定以专利技术入股的股东的完成股东投资义务的履行。

第三，注意专利入股的必须是专利的合法权利人。并且在我国法律对能进行股权投资的主体是有规定的，无论是国有企业，法人内设职能机构还是个人进行专利入股都是存在一定的限制。

第四，在使用专利技术入股时，还必须注意技术资料的交接和权利的移交；专利入股方的技术培训和指导；后续改进成果的权属和各方的违约责任。

第五，对于专利入股需要特别注意专利技术的可靠性。不可否认由于审批专利的审查员受专利局文献存储量的限制和可能有的工作疏忽等原因，把不具备专利条件的技术授予专利权的可能性是存在的，在加之对于实用新型专利和外观设计专利是不进行实质审查的，所以法律规定任何单位和个人都可以提出宣告专利无效的申请。一旦被宣告无效就不具备财产权的属性，就不能作为入股的技术。所以对专利进行必要的审查检索及在合同中约定无效后的处理办法是非常必要的。

第六，还有一个特别需要强调的问题，就是入股后涉及到的公司治理问题，我国原有的《公司法》规定无形资产的出资金额不能超过注册资本的20％，但被认定为高新技术企业的，对无形资产的比例可提高到35％。所以过去以无形资产出资的不可能成为公司的大股东，至少不会成为绝对的控股股东，因此在公司治理中只能处于附属地位。（但新《公司法》规定全体股东的货币出资金额不得低于有限责任公司注册资本的30％，《公司法》已经取消了相关规定，对出资比例不做限定。）也就是说知识产权的出资比例最高可达到70％，可成为绝对的控股股东。

《中华人民共和国专利法》第十二条任何单位或者个人实施他人专利的，应当与专利权人订立实施许可合同，向专利权人支付专利使用费。被许可人无权允许合同规定以外的任何单位或者个人实施该专利。