1、产权问题。企业兼并或企业产权交易是企业所有者的行为，国有企业的兼并或产权交易，是国有资产产权所有者或代表者的行为。国有企业现在名义上是法人，实际上只拥有经营权，企业的所有权是由政府有关部门掌握和行使的。这正是国有企业兼并必须经政府主管部门批准才能进行的原因。现行国有资产管理体制的主要问题是，政府的社会行政管理职能和国有资产所有权职能不分，国有资产所有权职能中的管理职能和资产经营职能不分;国有企业没有独立的法人财产，不是真正的法人实体。因此，企业要想真正进入兼并市场，迫切需要理顺产权关系，明确企业产权主体。

2、劳动力问题。当前，我国企业兼并中被兼并企业的人员安置问题是最大的难题。这个难题的解决，无非是两条路：一是由兼并企业吸收;二是由社会吸收。为实现兼并的绩效，使市场化的企业兼并健康发展，人员安置问题主要应走社会消化的途径，所以社会保障制度必须健全。另外，在理论上，它的根子还是涉及到劳动力是不是商品的问题。我们讲的兼并是个全要素的市场，不仅是物的要素，也是人的要素市场。所以，必须解决劳动力是不是商品的问题。

3、资产评估与国有资产增值。在企业兼并过程中，资产评估也是个突出的问题。大体来说，主要包括：

(1)资产评估的核定标准问题;

(2)资产评估的过程，政府干预过多，未按市场规律进行核算、等价评估与买卖;

(3)债权债务不认真清理，银行贷款得不到安全回收，兼并后留下许多后遗症，引起纠纷。

4、兼并中的政府行为问题。企业兼并中所有的政府行为并非都是不必要的。问题是，目前兼并活动中政府的盲目干预行为，确实给企业兼并带来了一些负效应。政府干预企业，在计划体制下是司空见惯的。政府以财产所有者的身份，这样或那样地干预企业的日常经营活动，使企业很难摆脱作为政府机构的附属物的地位，不能完全自主经营;似乎企业没有婆婆管着，就无法迈步行走，而在层层婆婆的管制下，中国企业必然先天不足，长期不知市场为何物。这种兼并的弊端是很危险的。

5、隐性兼并中存在的问题。在市场经济中，生产要素的流动与重组，使企业兼并出现了多种多样的表现形式。许多小企业、小公司，尤其是私营小企业之间的兼并买卖行为，没有任何法律依据，也未经任何主管部门批准，甚至不见诸于任何统计数字，从而形成了隐形兼并的市场。隐形兼并市场虽体现出一种企业间供需关系的迫切需求，但也的确存在着许多需要解决的问题，如企业隐形兼并的程序问题、合法性问题，等等。企业兼并是一项政策性很强、程序较复杂的工作，只有依法深人细致地操作，才能使其规范化。