1、查明事实阶段。即查清违章建筑形成的时间、原因、结构、面积、用途，是否存在民事纠纷，是否存在同时违反两个以上的行政法律规范的情形，是否已经行政执法机关查处等。对已经查处的按查处的结论办理，对未经查处的，进入下阶段。

2、处理和处罚阶段。第一步按时间分类分流。根据各地城市规划的具体时间合情合理地确定违法建筑的时间界限。第二步，按是否存在违章建筑的行为同时违反了两个以上的行政法律规范的情形为标准分类分流。第三步，作出处理或处罚决定。

然后根据处理或处罚决定分别处置，对补办手续的，进入补办手续阶段；对处以没收或限期拆除的，进入执行阶段。

3、补办手续阶段。对依法应当直接补办手续或经过处罚后要求补办手续的，由违章建筑的当事人到相关行政部门补办手续。

4、签定安置补偿协议阶段。在此阶段，由拆迁双方自行确定安置补偿方案。对协商不成的，经一方当事人申请可进入行政裁决阶段；对达成协议后，被拆迁人拒不履行的，经拆迁人申请，可进入强制拆迁阶段，由人民法院依法强制执行。

5、行政裁决阶段。对拆迁当事人经协商未能达协议，经一方当事人的申请行政裁决的，行政机关应予受理。行政机关在受理后，应及时将申请人的申请书及证据发送给对方当事人，并告知其权利与义务。行政机关在查明事实的基础上，在法定期限内就安置补偿作出行政裁决决定，并明确当事人搬迁的期限。

6、强制执行阶段。对于被拆迁人（即违章建筑的当事人）不履行安置补偿协议或安置补偿裁决的，经申请，可由人民法院依民事司法强制执行程序或行政司法强制执行程序强制执行，亦可由人民政府责成相关行政部门组织行政强制拆迁，强制被拆迁人搬迁，并拆除其建筑物等。

一、违章建筑拆除相关的法律规定

《中华人民共和国行政强制法》（下称行政强制法）作了严格规定，即第四十四条规定：对违法的建筑物、构筑物、设施等需要强制拆除的，应当由行政机关予以公告，限期当事人自行拆除。当事人在法定期限内不申请行政复议或者提起行政诉讼，又不拆除的，行政机关可以依法强制拆除。

根据行政强制法第四十四条依法强制拆除之规定，行政机关强制拆除违法建筑应当按照行政强制法规定的行政机关强制执行的一般程序操作，也就是说要遵循催告、作出行政强制执行决定、实施强制拆除的步骤。与此同时，强制拆除违法建筑时还要做到两点：一是要进行公告限期拆除；二是只有当事人在法定期限内不申请行政复议或提起诉讼又不拆除时才能强制拆除。

二、违章建筑拆迁能获得补偿吗？

虽然我国《城市拆迁管理条例》明确规定拆除违章建筑不予补偿，但是这只能说明违章建筑人不能获得拆迁补偿款，拆迁人仍要依法向违章建筑人支付拆迁补助费。

拆迁补助费包括搬迁补助费和临时安置补助费等其它费用。拆迁人不得因违章建筑拒绝向违章建筑人支付搬迁补助费和临时安置补助费等费拆迁补助费的请求。如果由于拆迁程序和手段违法，侵害了被拆迁人和房屋承租人的合法权益时应当依法赔偿损失，即拆迁赔偿费。