合同甲方违约应该进行仲裁、诉讼及申请强制执行。甲方因为违约而造成的损失或这是其它的债权即使是事实，但是也需要经过司法机关的确认，才会具有强制执行的效力。实践当中有很多纠纷因为没有及时地通过司法确认债权导致错过了诉讼的时效使得债权人败诉。强制执行是公权力，也是保障债权人的债权可以实现的重要手段之一。

一、公司纠纷怎么处理

公司在遇到债务纠纷时，应该采取以下方式：

1、灵活约定仲裁

在合同签定时，如果面临标的大、对方履约诚信差、以及地方保护主义严重等情形时，一般可以采用仲裁的方式，仲裁具有的专业性、灵活性、保密性、快捷性、经济性、独立性的特点以及一裁终局的规定，就可以使我们减少成本，缩短时间，提高效率，减少诉讼带来的麻烦。

2、适当采纳公证

在合同签定的时侯，也可以通过当地公证处进行公证，公证书具有比其他单位和个人提供的证明文件更高的证据能力，司法机关和仲裁机关一般无须审查就可以直接作为认定事实的根据。对于经过公证的合同，在一方违约时，由于公证具有强制执行的效力，对于不履约的经过公证的合同，可以提交法院申请强制执行。

3、巧妙选取代理

在异地诉讼的时候，由于地方保护主义的干扰，对方当事人具有主场优势，因此为了保证诉讼取得良好的效果，在必要的时候选取一定的代理机构，对于债务的解决也具有润滑和加持的作用。但是代理的方式对于当事人来说可以灵活选取，如可以打包一并代理，也可以分拆部分代理，通过这种灵活处理，可以有效的节约费用、降低成本。

4、适时申请支付令

当双方是金钱债务纠纷，并且在债权债务关系清晰的时候，债权人通过向法院申请支付令，由法院向对方当事人发送支付令，在规定时期不履行时，可通过法院强制执行。缺点是一旦对方提出异议，就要进入普通诉讼程序，所以具有不确定的因素。

二、借条超过诉讼时效，钱是否能要回来

借条过了有效诉讼期的处理办法：

1、争取债务人自愿还款。

按照民法理论，超过诉讼时效的债权，消灭的仅仅是债权的强制执行力，并没有丧失受领力和保持力。超过诉讼时效后如果债务人自愿履行债务，债权人便可接受债务人的清偿而使债权得到满足；债务人在清偿债务后，不得以债权已过诉讼时效为由，要求债权人返还财产。但是，当债务人偿还部分债务后又停止履行债务，债权人能否要求债务人履行未完成的部分债务，应将债务人的履行视为诉讼时效重新计算的事由，债务人履行部分债务意味着债务人对此笔债务的认可，债权人有权请求法院强制债务人履行债务，而不论债务人是否意识到债权是否已过诉讼时效。

2、争取债务人与债权人达成还款协议。

对超过诉讼时效期间，当事人就原债务达成还款协议的，应当依法予以保护。但是这条解释没有说明债权重新获得保护的理由。双方当事人在超过诉讼时效后达成还款协议的，视为对此笔债务的重新确认，债务人的还款意思表示可以导致诉讼时效的重新计算。

3、债务人签收催收通知。

对于超过诉讼时效期间，信用社向借款人发出催收到期贷款通知单，债务人在该通知单上签字或者盖章的，应当视为对原债务的重新确认，该债权债务关系应受到法律保护。该条解释有利于保护债权人利益，且该规定中的债务人应当包括债务人本人、法定代表人、代理人等。

超过诉讼时效丧失的是实体胜诉权，程序上还是可以起诉的。法院受理，但是对方可以以超过诉讼时效为抗辩理由，法院会判原告败诉。

但是对方如果不提出超过诉讼时效这个抗辩理由的话，法院也不会主动审查。

三、违约金的具体理由

考察一般持第三种观点的论著其具体理由主要有四：

1、违约金具有从属性。违约金与违约金的支付不同，前者一般依违约金条款产生，是从属于合同债务的从债，后者仅使债的标的。正是依违约金约款产生的违约金债务是合同的从债务，违约金才发生其担保作用。因为保证、定金、抵押、质押等传统民法的担保方式也正是为主债实现而设立的从债，因而才具有担保性。

2、违约金的设立可以使当事人预知不履行的后果。在合同订立以后，当事人对违约可能造成的损失及承担的责任的范围，均能事先了解，而当事人为避免承担支付违约金的责任，就必须正确履行合同。正是从这个意义上说，违约金可以督促当事人严格履行合同，确保债权实现。此点也是违约金与传统担保方式相同之处。

3、第二种观点一般以违约金债务人丧生清偿能力后的实际结果来否定违约金具有担保属性理由不充分。担保不是保险，它只能在一定程度上起到维护债权人利益的作用，即使传统的民法中的担保方式也不能保证债务人履行到期履行债务。

4、由于惩罚性违约金的数额较多，且多与违约所致损失无关，故更能有效的督促当事人履行合同。

而持有第二种观点的论著主要认为民法典设立违约责任制度，通过惩罚过错违约，使债务人积极适当的履行其义务，从而保障债权人的债权得以实现。从这个意义上讲，违约责任也是对合同的担保。但是在担保债权实现这点上，违约责任毕竟有其不足，主要体现在：要受制于债务人的财产状况；作为事后补救显得消极；在效力上属于债的范畴而无法与物权对抗；违约责任多以过错为要件而对于无过错情形无济于事。而在将违约责任同债的担保做分析比较之后，可以发现如果说违约金有担保功能，那也没有超出其他违约责任方式所具有的担保作用的限度，因而从其担保力不够来最终反对其具有担保属性。