(一)证据种类比较单一

在运输毒品犯罪案件中，如果从某个人身上或行李中查获毒品，按照犯罪构成要件的要求，该人主观上必须明知这是毒品才构成犯罪。在司法实践中，运输毒品的被告人绝大多数情况下都辩称“是别人让我带的”、“我不知道是毒品”、“东西不是我的，我不知道谁放进我的包里”、“我帮同行的人照看行李，他不见了”等等。在案的证据除了查获的毒品、车票、鉴定结论、抓获经过材料等，几乎没有什么其他的证据，在被告人不供述的情况下，要运用这些证据来证明其主观上系明知非常困难。

(二)取证有一定困难

为逃避打击，在运输毒品过程中，行为人往往采用“人货分离”的方式来运输毒品，一旦毒品被查获，犯罪嫌疑人就以“东西不是自己的”、“不知道东西是谁的”、“我不认识他，我们不是一路的”、“我是来接人的，不知道他带有毒品”等为由进行辩解。由于犯罪发生在旅客列车运行过程中，公安机关取证或采用技术手段在客观上存在一定的困难，如果公安机关在目击证人证言的收集、指纹的鉴定等方面工作不到位，到了法院审理阶段已经无法弥补，导致有的案件根本就没有直接证据，间接证据又难以形成证据锁链，最终无法下判。

(三)证据收集工作存有瑕疵

1.与毒品犯罪有关联的物证、书证收集不到位。运输毒品案件中，除被告人之外其他知悉案情的人少，只有被告人的供述易形成孤证。如果在查获了毒品、录取了口供后不注意开展电话记录、指纹鉴定等物证、书证的收集固定工作，一旦被告人翻供，很难再补充收集到有价值的证据，导致指控证据不足。

2.破案时机把握不准。在运输毒品案件中，选择好破案时机对收集和固定证据十分关键，如果时机选择不当，会使本有条件做到人赃俱获的案件因失去直接证据，不得不靠收集间接证据予以补强，甚至导致犯罪事实无法认定。如一运输毒品案件中，公安机关接到情报，甲用重金雇佣乙从昆明将内藏350克海洛因的一双鞋带回成都。某日，乙从昆明乘坐火车返回成都。公安机关在火车上将乙抓获，之后根据乙的供述又抓获了甲。但甲坚决否认自己参与运输毒品，乙则只承认帮甲带鞋，辩称并不知道鞋里有毒品。由于本案缺乏基本证据，致使案件审查工作陷入被动。

3.毒品鉴定存在问题。实践中一般对毒品只作定性鉴定，而不作定量分析②。毒品数量虽不以纯度折算，但并不等于就可以不对毒品的纯度进行鉴定。因为对于毒品含量极低，确有大量掺杂掺假成分的，在处刑时就应酌情考虑；特别是对于在掺假之后毒品的数量达到死刑标准的，应慎重适用死刑；对明知是假毒品而贩卖、运输的，就不会构成制造、贩卖、运输毒品罪，而是以诈骗罪论处等等。因此，毒品的定量分析对正确认定被告人的主观罪过以及定罪量刑都有重要影响。

《中华人民共和国刑法》第三百四十七条【走私、贩卖、运输、制造毒品罪】走私、贩卖、运输、制造毒品，无论数量多少，都应当追究刑事责任，予以刑事处罚。

走私、贩卖、运输、制造毒品，有下列情形之一的，处十五年有期徒刑、无期徒刑或者死刑，并处没收财产：

(一)走私、贩卖、运输、制造鸦片一千克以上、海洛因或者甲基苯丙胺五十克以上或者其他毒品数量大的；

(二)走私、贩卖、运输、制造毒品集团的首要分子；

(三)武装掩护走私、贩卖、运输、制造毒品的；

(四)以暴力抗拒检查、拘留、逮捕，情节严重的；

(五)参与有组织的国际贩毒活动的。

走私、贩卖、运输、制造鸦片二百克以上不满一千克、海洛因或者甲基苯丙胺十克以上不满五十克或者其他毒品数量较大的，处七年以上有期徒刑，并处罚金。

走私、贩卖、运输、制造鸦片不满二百克、海洛因或者甲基苯丙胺不满十克或者其他少量毒品的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。

单位犯第二款、第三款、第四款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照各该款的规定处罚。

利用、教唆未成年人走私、贩卖、运输、制造毒品，或者向未成年人出售毒品的，从重处罚。

对多次走私、贩卖、运输、制造毒品，未经处理的，毒品数量累计计算。