由于印尼劳工移民特别是非法移民的大量进入，并与一些犯罪、恐怖活动和艾滋病牵连，使得印尼劳工移民在马来西亚受到关注、争议，甚至政治化。比如，

(1)犯罪问题。2002年6月1日的《新海峡时报))(NewStraitsTimes)一则消息称，大部分偷窃、强奸和谋杀的案件与印尼劳工移民有关;

(2)健康危险。非法移民还会传播艾滋病、麻风病等危险疾病;

(3)欺诈婚姻。印尼劳工移民为了取得马来西亚居留权而与马来西亚女性结婚，但这种婚姻不被马来西亚社会接受，并被认为是不道德的;

(4)印尼劳工移民还被马来西亚社会认为夺走了马来西亚人的工作机会;

(5)马来西亚的华人政党—民主行动党认为，印尼劳工移民最终将增加马来人的人口数量，使华人在政治上处于不利地位;

(6)稳定和安全。

1998年在马来西亚的非法移民关押所发生了印尼劳工移民暴乱，因此，印尼劳工移民开始被认为对马来西亚的国家安全构成威胁，并对马来西亚社会结构将造成破坏性影响。除了上述问题外，一些有关印尼劳工移民的突发性事件，甚至引发两国关系的紧张。马来西亚政府在具体实施严厉的移民政策时，由于对非法印尼劳工移民的数量估计不足，在采取遣返措施前与印尼政府缺乏沟通，导致侵犯人权，引发劳工移民暴乱和人员伤亡。比如，(1)2001年10月，马来西亚政府颁布了一项条例，把外国劳工的工作许可从6年缩短为3年，这样一来，许多印尼劳工移民的地位突然改变—一夜之间从合法变为非法。很多印尼劳工移民被逮捕，并关押在非法移民关押所。同年，多所非法移民关押所发生暴乱。

2001年10月在马来西亚亚罗加查(AlorGajah)的马加温布(MachapUmboo)关押所发生暴乱，2001年11月2000名非法印尼劳工移民在柔佛州(Johor)的班加那斯(thePekanNenas)关押所暴乱，2002年1月17日400名非法印尼劳工在森美兰州(NegriSembilan)的一家纺织厂暴乱。这一系列暴乱的发生，最终使马来西亚政府于2002年2月实施印尼劳工的最后雇佣政策，暂停招募印尼劳工(除了保姆之外)。马来西亚这项政策的实施，立即遭到印尼人的抗议。印尼人开始在印尼首都雅加达马来西亚大使馆前示威游行，焚烧马来西亚国旗，冲击马来西亚大使馆。马来西亚政府实施的印尼劳工的最后雇佣政策，事先并未与印尼政府进行沟通，这种单边行动令也令印尼政府十分不满。事件发生后，印尼前国会主席阿敏·赖斯(AmienRias)在国会谴责马来西亚政府的行为，并出言要采取应对行动。马来西亚政府应对以强硬的外交政策，要求印尼政府严惩示威游行的肇事者，同时警告其国民不要前往印尼去旅游。(2)由于印尼劳工的最后雇佣政策的实施，以及2002年8月新移民法的实施，大量印尼劳工被遣返回国。被遣返的印尼劳工大量涌入两国的边界线，印尼政府一时也难以应付。在印尼加里曼丹与马来西亚沙巴州交界的努努干(Nnkan)小镇，一时涌入350,000位印尼劳工及其家属，由于露宿营地条件恶劣，最后造成85人(其中部分是儿童)死亡。

此外，2002年8月9日，新移民法颁布后，有9位印尼劳工被判刑入狱，并处以鞭刑。这些突发事件引发了印尼政府和民众的极大不满，双方政府也相互指责。马来西亚政府指责印尼政府在遣返印尼非法劳工时不予配合，而印尼政府则指责马来西亚政府，明知印尼处在经济困难时期仍然大量遣返印尼劳工，未能为被遣返的印尼劳工提供基本的收容条件和交通工具。由此可见，印尼劳工特别是非法劳工问题己经开始政治化，并成为影响两国关系的非传统安全问题。一些批评家指出，在对待印尼非法劳工的问题上，马来西亚政府的唯一措施就是驱逐遣返，而印尼政府对印尼非法劳工被遣返也无所作为。事实上，对非法印尼劳工简单地采取遣返措施会引发很多矛盾。事实一也证明，每一次马来西亚政府对非法印尼劳工实施遣返，都会引发两国关系的紧张。到目前为此，马来西亚和印尼在对待非法印尼劳工的问题上并没找到成功的解决办法，而这一问题依然成为影响两国关系健康发展的阻碍因素。马来西亚政府对印尼劳工移民的政策也由欢迎转变为限制。