担保公司可以办理提存业务，存机关的选择在我国，因为尚无关于提存的详细法律规定，提存机关很混乱，而在学术界也有很大争议，主要存在以下四种说法：

第一种说法认为提存机关指“有关主管部门”

第二种说法认为提存机关是人民法院

第三种说法认为银行也可成为提存机关，第四种说法认为提存机关应是公证处。那么，我国的提存机关究竟如何选择?要解决这个问题，则要从分析提存机关的特征入手。鉴于提存是一种特殊的公法关系，提存机关具有如下特征：

(1)提存机关应为国家所设立的机构。由于提存机关与债权人、债务人或保证人之间关系的公法性质，提存机关不可能是企业，也不应是一般营利性的服务机构。

(2)提存机关应具有市场中介组织的性质。提存行为的发生是以提存人与提存机关订立特殊的为第三人利益的合同作为基础的，这种合同虽具有公法性质，但不应涉及行政管理等国家权力。提存机关是以中间人的身份介入债权人、债务人或保证人之间的。

明晰了提存机关的法律特征以后，我们再来对目前学术界的四种说法作一下评价。认为提存机关应由“有关主管部门”担任的说法存在两点缺陷：首先，这种说法在概念上很不明确，“有关主管部门”究竟应是债权人的主管部门，还是债务人或保证人的主管部门，抑或是共同的主管部门，没有说清楚。其次，在市场经济下，大多数企业成为脱离政府的法人实体，也就无所谓企业的“主管部门”，因此，这一顺应计划经济体制的说法现在应被摒弃。

而认为法院应成为提存机关的说法无论从理论上还是在实践中都说不通。人民法院身为国家的审判机关，其职能在宪法中规定得很明确，提存作为特殊的债的消灭方式和担保方式，本身存在纠纷的可能，如果法院开办提存业务，而发生纠纷又由其判决，岂不滑稽。银行也不应成为提存机关。因为银行没有担负提存机关的权利和义务。商业银行法第二条明确规定：“商业银行是指依照本法和《中华人民共和国公司法》设立的吸收公共存款，发放贷款、办理结算等业务的企业法人。”经营货币业务的企业不能成为提存机关是显而易见的。

至于公证处可以作为提存机关的通说，在实践中亦有很多问题。首先，法律未规定在其他部门或机构是否可以办理提存，而在公证处办理提存必须同时办理公证，这便人为地增加了当事人的负担，也有悖于合同中的自愿原则。其次，公证处一方面作为独立的第三者对合同的公正性、有效性予以审查，一方面成为提存法律关系的一方当事人，其双重身分、两种职能往往会产生矛盾、冲突，因而不可避免地互相造成影响，损害当事人的利益，不利于提存目的的顺利实现。再次，公证处缺乏协调其他机构共同进行提存的权威和法律依据。