主合同与补充合同一般不会同时产生，会有时间差，主合同成立时间在前，补充合同成立时间在后，这是补充合同产生的时间规律。

补充合同是主合同的从属合同，补充合同依附于主合同而成立，没有主合同，就不会产生补充合同，这是主合同与补充合同的基本关系。

主合同因为有了补充合同，所以使得主合同原意更准确、更完善、更具有可操作性。

补充合同的编号往往是以主合同为依托而表达的，如＿＿号合同补1、补2，这是强调二者主从关系的实质体现。因为有了补充合同这种特殊形式，能够保证双方履约顺利，合同纠纷减少。

所以，实践中还是不能忽略补充合同的效力，在出现主合同效力和补充合同效力矛盾的时候，需要以补充合同的效力为准。

一、补充合同与主合同结算单价不一致怎么办

施工合同是需要备案的，那要是建设施工合同和补充协议不一致时，应当按照哪个标准进行结算呢？

依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条的规定，当事人就同一建设工程另行订立建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案中标合同作为结算工程价款的根据。这是黑白合同应当以白合同进行结算的基本原则。

应当注意的是，不是必须招投标的工程项目，但是，当事人按照招投标的程序进行了招投标，签订了施工合同并进行了备案，此后双方又签订了黑白合同，也应当适用《司法解释》第21条关于以备案合同进行结算的规定。

因此，在主合同和补充合同结算不一样时，应该看主合同和补充协议对此是怎么约定的，按约定处理即可，若未约定以哪份为准，一般以补充协议为准，若补充协议的签订存在违法的情形，则以主合同为准。

二、补充合同的效力如何认定

当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。所以，补充合同的效力优于主合同的效力。

时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。