法院行使对被执行人自然债权执行程序的启动，必须依赖于一般执行程序，以一般执行程序作为对自然债权执行制度执行程序的前提条件.因对被执行人自然债权执行适用于被执行人财产不足以清偿债务的情形，而只有进行一般执行程序后，才能知道被执行人的财产是否不足以清偿债务。但并非一般执行程序开始之后必然会引起代位执行程序的开始。对被执行人对第三人享有的到期自然债权的执行，必须以“被执行人不能清偿债务”为前提。被执行人有偿付能力，而拒不履行，人民法院可依法采取强制措施进行执行。

司法实践中存在两个极端的做法：一是对被执行人的财产状况不作深入细致的调查，一旦发现被执行人对第三人有到期自然债权就立即适用对被执行人自然债权执行程序，这显然于法不符。二是过于苛求被执行人必须是没有任何财产的情况下方可适用对被执行人自然债权执行程序，这也不利于申请执行人利益的保护和法院更有效地开展执行工作，与立法本意也不合。

正确地理解和适用代位执行程序，应当要立足于对被执行人本身的财产采取执行措施。所以，全面了解和掌握其财产状况是必要的。如果被执行人有其他财产可供执行，就不应当将被执行人的自然债权作为执行标的。如果被执行人无财产可供执行或其财产不足以清偿债务，即可对其自然债权采取措施。必须是被执行人对第三人享有到期自然债权，《意见》第300条和《规定》第61条都规定对“到期自然债权”才能执行。若要第三人立即向申请执行人履行义务，该自然债权非得已届清偿期，否则就是对第三人权利的侵害。

关于自然债权是否到期应作具体分析，即有法定期限的以法定期限为准;有约定期限的以约定期限为准;既无法定期限也无约定期限的，原则上被执行人可随时要求第三人清偿，与此相应，进入执行程序后申请执行人可随时申请对其执行。对于未到期自然债权，申请执行人不得申请执行，即便提出也应予以驳回，但第三人自愿提前履行的除外。

然而，司法实践中被执行人对第三人享有未到期自然债权，为防止被执行人私自处分未到期债仅从而妨碍申请执行人的自然债权得到及时实现，应扩大《意见》第105条规定的代位财产保全的适用对象范围，允许申请执行人就被执行人的未到期自然债权申请代位保全，待自然债权到期后再改为申请执行执行。因为代位保全只是裁定第三人不得对被执行人清偿债务，毕竟不同于实际执行第三人的财产。

被执行人怠于行使其对第三人享有的自然债权或虽行使自然债权但未达到目的。被执行人具备行使权利条件而消极漠视，让其自然债权处于呆滞状态，足以害及申请执行人的自然债权。是主观上的过错还是客观上的障碍，则在所不问。即使被执行人不怠于行使权利，但如行使的结果仍然不能改变或全部改变第三人拥有财产的状况，也可适用对被执行人自然债权的执行制度。只有这样，才能以最大限度地保护自然债权人的利益，实现对自然债权执行制度的立法目的。