依照本条第一款的规定，国务院专利行政部门负责管理全国专利工作。这里讲的“国务院专利行政部门”，按照现行的国务院机构设置，是指国家知识产权局。按照本法和国务院批准的国家知识产权局“三定”方案的规定，国务院专利行政部门管理全国专利工作的职责主要包括：研究起草有关专利的法规草案，制定专利管理工作的规章;统一受理和审查专利申请(具体工作委托其所属的中国专利局承担)，对符合本法规定的授予专利的条件的，依法授予专利权;

设立专利复审委员会，依法处理当事人有关专利事务的复审请求;根据当事人的请求，处理及指导地方专利管理部门处理专利侵权纠纷，依法查处假冒他人专利及冒充专利的行为;负责专利工作的国际合作事宜;组织制定全国专利工作发展规划和专利信息网络规划;组织、推动专利法律知识的宣传普及工作等。

按照本条第二款的规定，省、自治区、直辖市人民政府管理专利工作的部门负责本行政区域内的专利管理工作。这里讲的省级政府“管理专利工作的部门”，可以是本级政府所设的专门管理专利工作的部门，如专利局或知识产权厅(局)，也可以是本级政府确定的其他负责管理专利工作的部门，如科委等部门。具体由哪个部门作为本级政府管理专利工作的部门，应由省、自治区、直辖市人民政府根据《中华人民共和国地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》的规定确定。

按照本法的规定，省级政府管理本行政区域内的专利工作的职责，主要是根据当事人的请求，依法处理专利侵权纠纷，依法查处假冒他人专利及冒充专利的行为;以及国务院专利行政部门和本级人民政府赋予的其他职责。

本条只规定了国务院专利行政部门和省级人民政府管理专利工作的部门管理专利工作的职责。在立法过程中，曾有一种意见认为，对专利工作的行政管理，只规定到国务院和省级政府还不够，应当规定省级以下政府也可以设立专利管理部门，管理本地区专利工作。立法机关经过研究，考虑到专利制度具有全国统一、涉及的技术领域相当广泛和复杂的特点，专利管理的权限应当适当集中，不宜层层设立专利行政管理部门。

目前对专利申请的受理、审查、批准、复审等，都是由国务院专利行政部门统一负责的，这也是国际上的通例。至于对专利侵权纠纷的查处，由于有些涉及复杂的技术问题和确权程序问题，也不是所有的市、县政府都能够准确把握和处理的。在专利法中只对国务院专利行政部门和省级人民政府管理专利工作的部门的管理职责作出规定是适当的。同时，考虑到有些专利管理工作量较大的城市的实际情况，全国人大法律委员会在关于专利法(草案)的审议结果的报告中提出，“对侵犯专利权纠纷的处理和对假冒、冒充专利行为的行政处罚，也可以由一些专利管理工作量大，又有实际处理能力的市实施”，并据此对草案中关于处理专利侵权纠纷，处罚假冒、冒充专利行为的行政部门的规定作了相应的修改。

至于这些重点城市人民政府设立专利管理部门的问题，可以依照《中华人民共和国地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》中关于市、县人民政府“工作部门的设立、增加、减少或者合并，由本级人民政府报请上一级人民政府批准，并报本级人民代表大会常务委员会备案”的规定，由有关地方政府自行确定，不需在专利法中再作规定。