在税务机关实施税务检查的时候，根据《税收征收管理法》及其《实施细则》的规定，税务机关应当建立科学的检查制度，统筹安排检查工作，严格控制对纳税人、扣缴义务人的检查次数。税务机关应当制定合理的税务稽查工作规程，负责选案、检查、审理、执行的人员的职责应当明确，并相互分离、相互制约，规范选案程序和检查行为。

1.示证检查的义务

税务人员在进行税务检查的时候，应当出示税务检查证和税务检查通知书;无税务检查证和税务检查通知书的，纳税人、扣缴义务人及其他当事人有权拒绝检查。税务检查证是税务人员进行税务检查的法定证明。持有税务检查证件才能进行税务检查，以防止非税务人员进行税务检查的现象和杜绝冒充税务检查人员进行税务检查的违法犯罪行为。税务检查证和税务检查通知书的式样、使用和管理的具体办法，由国家税务总局制定。

2.保守秘密的义务

税务机关在进行税务检查的过程中，凡根据一般的商业交易原则，被检查人不愿告知他人的商业秘密，税务检查人员有保密的义务。税务机关查询纳税人、扣缴义务人在银行或者其他金融机构的存款账户以及其他信息所获得的资料，不得用于税收以外的用途。但对于纳税人或扣缴义务的偷漏税行为，不受这点的约束。

3.依法查账和限期退还的义务

税务机关在必要的时候将纳税人和扣缴义务人以前会计年度的账簿、记账凭证、报表和其他资料调回税务机关检查，必须经过县以上税务局(分局)局长批准，且必须向纳税人、扣缴义务人开付清单，并在3个月内完整退还;有特殊情况需要将纳税人、扣缴义务人当年的账簿、记账凭证、报表和其他有关资料调回检查的，必须经过设区的市、自治州以上税务局局长批准，并且必须在30日内退还。

4.凭证依法查询的义务

税务机关在行使存款账户查询权的时候，必须遵循法律规定的程序和要求：①需经县以上税务局(分局)局长批准;②应当指定专人负责，凭全国统一格式的检查存款账户许可证进行;③调查税收违法案件时，查询案件涉嫌人员的储蓄存款须经设区的市、自治州以上税务局(分局)局长批准;④税务机关查询所获得的资料，不得用于税收以外的用途，并有责任为被检查人保密。

5.其他义务

①当纳税人的生产经营场所和货物存放地与纳税人的生活住宅合用的时候，税务机关不可直接行使场地检查权，必须提请司法机关的协助;

②在行使责成提供资料权的时候，税务机关所要求纳税人、扣缴义务人提供的文件、证明材料和有关资料一定要与纳税或扣缴税款有关;

③税务人员在车站、机场、码头、邮政企业等场所进行检查的时候，应事先征询这些单位的同意;

④税务机关在实务检查中依法采取的税收保全措施的时候，其期限一般不得超过六个月;重大案件需要延长时，应当报国家税务总局批准。