一、辞职后个人档案在自己手里保管是否合法

辞职后个人档案在自己手里保管是不合法的。

1．根据人事档案管理规定：人事档案的传递和管理是由组织人事部门或其委托具有资质的单位（一般为人才交流中心）具体负责，其他单位和个人不得传递、管理人事档案。

2．同时本人不得管理、传递和调阅本人档案。人事档案放在自己手里，组织人事部门将对该档案材料的真实性不予认可。

二、员工因辞职被单位拒绝该如何处理

员工因辞职被单位拒绝应处理的方式是：可以要求公司说明理由；如果员工是依法提出离职申请的，则员工可以通过协商、申请调解、仲裁、提起诉讼等方式来离职。如果员工的辞职方式不符合法律规定的，则可以更正后再申请辞职。

根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条【劳动者提前通知解除劳动合同】劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。

三、辞职怎么申请劳动仲裁

1．当事人向劳动争议仲裁委员会递交仲裁申诉书以及相关材料；

2．劳动争议仲裁委员会决定是否受理；

3．劳动争议仲裁委员会受理后五日内向被申请人送达仲裁申请书副本；

4．被申请人提交答辩书；

5．仲裁庭开庭审理、调解；

6．做出裁决。

《劳动争议调解仲裁法》第二十九条劳动争议仲裁委员会收到仲裁申请之日起五日内，认为符合受理条件的，应当受理，并通知申请人；认为不符合受理条件的，应当书面通知申请人不予受理，并说明理由。对劳动争议仲裁委员会不予受理或者逾期未作出决定的，申请人可以就该劳动争议事项向人民法院提起诉讼。

《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》：第三章　仲裁 第二节　申请和受理　　第二十九条　【仲裁申请的受理和不予受理】劳动争议仲裁委员会收到仲裁申请之日起五日内，认为符合受理条件的，应当受理，并通知申请人；认为不符合受理条件的，应当书面通知申请人不予受理，并说明理由。对劳动争议仲裁委员会不予受理或者逾期未作出决定的，申请人可以就该劳动争议事项向人民法院提起诉讼。