一、厂房违法建筑强拆程序是否合法

首先，要审查违法建筑认定的合法性，按照现行法律的规定，只能是市县人民政府的规划建设主管部门认定厂房属于违法建筑，否则就涉嫌主体不适格。

其次，要审查行政机关在认定、拆除违法建筑之前是否尽了调查义务。

根据《中华人民共和国行政处罚法》第36条的规定，行政机关在认定、处理违法建筑之前应该进行调查，比如确切的违法建筑面积、建筑时间、相应证据如照片等，否则就是违法。

次之，充分利用公民陈述申辩的权利，《中华人民共和国行政处罚法》第31条、41条的规定，行政机关在处理之前应该给予公民合理的陈述、申辩的权利，否则就剥夺了公民的权利。具体在案件中，就是是否在认定、处理违法建筑前通知公民进行陈述、申辩，是否给予了合理的时间等。

最后，如果厂房以违法建筑的名义被拆除，那么针对于强拆的行为，可以通过行政复议或者行政诉讼等途径来进行救济。如果强拆行为不具备前面的合法的认定违法的依据和法定程序来进行拆除的话，那么它的这个强拆的行为可能涉嫌违法，可以通过法律途径来救济。

法律依据：

《中华人民共和国城乡规划法》第四十条

在城市、镇规划区内进行建筑物、构筑物、道路、管线和其他工程建设的，建设单位或者个人应当向城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府申请办理建设工程规划许可证。

申请办理建设工程规划许可证，应当提交使用土地的有关证明文件、建设工程设计方案等材料。需要建设单位编制修建性详细规划的建设项目，还应当提交修建性详细规划。对符合控制性详细规划和规划条件的，由城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府核发建设工程规划许可证。

城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府应当依法将经审定的修建性详细规划、建设工程设计方案的总平面图予以公布。

二、相关部门对违建进行查处的阶段

通常情况下，相关部门对违建进行查处，要经过以下几个阶段。

1、立案及调查认定阶段。在接受举报或者走访调查过程中，相关部门认为建筑可能存在违法问题并依法立案后，要对违建的形成时间、形成原因、结构面积用途、权利归属等具体情况进行调查问询，确认其是否确实存在违反相关法律规定的问题，以及是否以及经过了行政处罚及补正程序等。

2、作出处罚决定阶段。如果在调查认定过程中，相关部门认定建筑确属违建，下一步就要作出书面的责令限期拆除决定书，送达当事人，给当事人时间和机会自己拆除违法建筑。当事人在这个阶段如果有异议，可以行使自己的救济权利，提起行政复议或行政诉讼。

3、催告阶段。如果在法定期限内，当事人既没有自行拆除违建，也没有启动法律程序主张异议，那么相关部门就要开始准备代为拆除。在正式强拆前，行政机关要先制作书面的催告文书送达当事人，听取当事人的陈述申辩，尊重当事人在这一阶段行使法律救济权利。

4、强制执行阶段。如果催告文书送达后，当事人仍旧没有履行限拆决定，行政机关可以依法作出强制拆除决定，送达当事人并依法进行公告。如果法定期限内当事人没有启动行政复议或行政诉讼等法律程序维权，则行政机关可以在权限范围内依法对违建实施强制拆除。