人民检察院自行侦查或者退回公安补充侦查。

被告证据不足的案子处理方式为：

1、对于公安机关移交检察院的案件，人民检察院认为证据不足的可以将案件退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查；

2、退回公安机关补充侦查的次数仅限两次，在二次补充侦查后，仍然证据不足的，应当对案件做出不起诉决定。

被告证据不足的情况法庭怎么结案

1、公安机关可以调解结案。对原来认为“证据不足”的轻伤害案件经公安机关立案侦查终结后，应出具侦查终结报告书，送达双方当事人，并可对双方当事人进行说服教育，在双方当事人自愿的前提下，由双方当事人各自向公安机关写出调解申请书，在此基础上，公安机关可以组织调解结案。这样便于稳定双方情绪，及时化解矛盾。

2、由被害人提起自诉。对基本事实清楚、基本证据确实充分、且公安机关一时又不能说服双方当事人自愿调解的一般轻伤害案件，公安机关应当告知受害人向人民法院提起刑事附带民事诉讼。对公安机关侦查后认为伤害证据仍然不足，或难以查清，或公安机关不认为是犯罪的轻伤害案件，公安机关应当告知被害人向人民法院提起民事诉讼，要求对方承担民事责任。

3、对特殊案件实行“有限公诉”。即对符合上述一般公诉条件，案情复杂、社会影响或危害较大、公安机关已对被告人采取了强制措施、可以判处刑罚的轻伤害案件，公安机关应该将案件尽快移送检察机关依法提起公诉。

法律规定

《中华人民共和国刑事诉讼法》

第一百七十五条人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。

人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。

对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。

对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条

人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。