农业承包合同纠纷可以申请仲裁，但必须符合法律规定的可以提起仲裁的情况，如果合同当中没有约定可以提起仲裁的，则仲裁机构是不予受理的。农业承包合同的效力认定问题是合同形式是否合法、确认合同效力后主张承包费是否增加等。

一、农业承包合同纠纷可以申请仲裁吗

农业承包合同纠纷能否提起仲裁，要看具体情况才能确定。如果农业承包合同约定出现纠纷时，可以向仲裁机构申请仲裁的，那么就可以进行仲裁。但是如果合同中没有约定的，仲裁机构一般不会受理。

符合《农村土地承包经营纠纷调解仲裁法》第二十条规定的以下条件时，农业承包合同纠纷可以提起仲裁：

（一）申请人与纠纷有直接的利害关系；

（二）有明确的被申请人；

（三）有具体的仲裁请求和事实、理由；

（四）属于农村土地承包仲裁委员会的受理范围。

二、农业承包合同的效力认定问题

农业承包合同的效力认定问题如下：

1.原则上，只要合同形式合法应确定合同的效力，特别是作为发包方的村委会主张合同无效的一般不予支持。

2.多数村民因违反民主议定原则主张村委会与他人签订的合同无效的，如承包方种植1年以上的，原则上不予支持；承包方种植不足1年的，原则上认定合同无效；投入不大的可予以适当补偿；有大量投入的，主要针对承包费，必要时针对承包期限作出调整。

3.确认合同效力后，如发包方主张增加承包费的，可视情增加。

4.合同本身存在不明确之处，如“两委”成员口头答复，合同条款不全、原村委会成员以个人名义出具答复意见等，此情形下，做出不利于合同继续履行的解释。

三、农业承包合同纠纷诉讼时效有吗

农业承包合同纠纷诉讼时效是有的。现在对农村土地承包合同的性质是分歧的，有的认为是民事合同，有的认为是行政合同。个人认为，因为村委会不是行政机构，因此村民与村委会签订的合同本身应属民事合同。无论是哪种类型的合同，民事诉讼与行政诉讼都有有关时效的规定。如果承包合同是村民间的土地经营权流转合同，那无争议的属于民事合同，当然也有时效的限制。

《中华人民共和国农村土地承包经营纠纷调解仲裁法》：第三章　仲裁 第二节　申请和受理　　第二十二条　农村土地承包仲裁委员会应当对仲裁申请予以审查，认为符合本法第二十条规定的，应当受理。有下列情形之一的，不予受理；已受理的，终止仲裁程序：\n（一）不符合申请条件；\n　　（二）人民法院已受理该纠纷；\n（三）法律规定该纠纷应当由其他机构处理；\n（四）对该纠纷已有生效的判决、裁定、仲裁裁决、行政处理决定等。