1、根据国家税务总局关于股权转让所得个人所得税计税依据核定问题的公告，转让股权所得属于“财产转让所得”应税项目，应按照20%的税率计征个人所得税。财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。参照每股净资产或纳税人享有的股权比例所对应的净资产份额核定股权转让收入。对知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达50%以上的企业，净资产额须经中介机构评估核实。

2、股权转让所得是指股权转让价减除股权成本价后的差额。就税法的一般原理而言，股权转让与其他财产转让一样，其收益的性质属于资本利得。资本利得的计税基础为转让财产所获得的收入与被转让财产的取得成本之间的差额。套用国家税务总局文件的表述方式，股权转让所得为企业“转让股权投资的收入减除股权投资成本后的余额”或者“股权转让价减除股权成本价后的差额”。

一、办理全资子公司股权变更手续所涉及的问题

（一）根据《企业国有产权转让管理暂行办法》办理国有企业所属的全资子公司股权转让必须进行评估。

（二）关于税赋

1、根据《财政部国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》（财税〔2002〕191号）规定，对股权转让不征收营业税。

2、股权转让协议应按产权转移书据按合同金额万分之五缴纳印花税。同一应税凭证两方或两方以上当事人签订并各执一份的，各方都应就所执的一份各自全额贴花。

3、个人股东转让股权应就增值部分按财产转让所得缴纳个人所得税，税率为百分之二十。对申报的计税依据明显偏低（如平价和低价转让等）且无正当理由的，主管税务机关可参照每股净资产或个人股东享有的股权比例所对应的净资产份额核定。

4、企业股权投资转让所得应并入企业的应纳税所得，依法缴纳企业所得税。根据国税函【2010】79号文规定：企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。企业取得财产（包括各类资产、股权、债权等）转让收入不论是以货币形式、还是非货币形式体现，除另有规定外，均应一次性计入确认收入的年度计算缴纳企业所得税。

二、为什么自然人股东转让股权要缴税

1、自然人股东转让股权缴税，具体理由如下：

《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》：

(1)第四条个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳个人所得税；

合理费用是指股权转让时按照规定支付的有关税费；

(2)第五条个人股权转让所得个人所得税，以股权转让方为纳税人，以受让方为扣缴义务人；

(3)第六条扣缴义务人应于股权转让相关协议签订后5个工作日内，将股权转让的有关情况报告主管税务机关；

被投资企业应当详细记录股东持有本企业股权的相关成本，如实向税务机关提供与股权转让有关的信息，协助税务机关依法执行公务；

2、法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第一条为加强股权转让所得个人所得税征收管理，规范税务机关、纳税人和扣缴义务人征纳行为，维护纳税人合法权益。