一、在审计对象上，做到立项有高度，采取分层次，抓重点的方法。对财政部门和农口主管部门因进行定期审计，审计的重点不应只停留在监督农业资金的拨付和支出的真实性、及时性方面，审计的目标也不应只定位在真实性和合法性上。对大型农业建设重点项目进行分阶段跟踪审计，要适应农业的新变化，逐步加大对农业效益审计的分量。在资金使用效益上下功夫，以加强项目管理和资金使用效果的监督。向绩效审计延伸，充分发挥农业资金的使用效益。

二、在审计内容上，做到实施审计有深度。审计人员要带着宏观分析的思路和点子，有目的地搜集第一手材料，严格按照审计准则的要求开展审计。以真实性审计为基础，加强对农业投入政策落实和资金使用管理效益的审计监督，把提高资金使用效益和促进国家农业政策的贯彻落实作为审计的出发点和落脚点，以查处违纪违规问题为基础，向政策、管理和效益三方面延伸，按资金的流向和最终使用点对审计查出问题较多、资金数额大的被审单位实施跟踪审计，一要做好农业专项资金的事前审计，帮助提高立项水平，促进配套资金及时到位，减少资金损失浪费;把违纪违规资金控制在最小限度。二要做好事中审计，防止资金被挤占、挪用，使工程项目达到质量要求，提高资金使用效益;三要做好事后审计，防止管理混乱及造成项目不能达到预期效果。及时发现和揭露问题，加强对资金的使用效益及政策落实情况的综合评价，分析影响效益和政策落实情况的主客观原因，有针对性地提出改进措施和建议。

三、在项目工程上，做到实施农业工程项目真实合法。审计内容要由审计财务资料向审计农业项目工程资料拓展，主要审查投资概算执行情况，有无违规超概算、有无损失浪费现象，项目建设投入运营或投资回收期、投资回报率是否符合设计能力。从项目决策、建设、运营各个环节审查，有无决策失误、工程质量隐患，是否存在建设进度缓慢、项目闲置难以运营等不经济情况。

四、在审计手段上，积极探索传统审计方法与现代审计方法结合的路子，提高审计效率和质量。改变过去传统的详查审计方法，充分利用现代计算机技术和手段，随着计算机的普及和运用，目前各单位均逐步使用计算机进行会计核算。采用计算机辅助审计技术，可以帮助审计人员更迅速、有效地核对会计资料，从而可以用更多的精力做分析和判断工作。