叛逃罪的认定标准如下：

1、侵害的客体是国家安全；

2、客观方面表现为在履行公务期间，撤离岗位，叛逃或者在境外叛逃；

3、主体是国家机关工作人员；

4、主观方面必须是故意。

一、叛逃罪追诉时效为多长时间

根据《中华人民共和国刑法》第八十七条的规定，对叛逃罪的追诉时效最高为十年，经下列期限不再追诉：

（一）法定最高刑期不满五年有期徒刑的，经过五年；

（二）法定最高刑期五年以上有期徒刑不满十年的，经十年；

（三）法定最高刑期为十年以上有期徒刑的，经过十五年；

（四）法定最高刑为无期徒刑，死刑20年。二十年后认为必须起诉的，应当报最高人民检察院批准。

《中华人民共和国刑法》第一百零九条规定，国家机关工作人员在履行公务期间擅自离职、叛逃或者叛逃的，处五年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利；

情节严重的，处五年以上十年以下有期徒刑。掌握国家秘密的国家工作人员在境外叛逃或者在境外叛逃的，依照前款的规定从重处罚。

二、妨害公务和阻碍执行职务的区别

阻碍执行职务和妨害公务的区别有：1、犯罪的直接客体不同。前者侵害的主要客体是国家的正常管理活动;后者则是国家安全。2、犯罪的客观方面不同。首先在行为指向上，前者的行为指向往往具有特定性，即是某个具体的正在依法执行公务的国家机关工作人员或红十字会工作人员;后者的行为指向则是整个国家政权，就具体的侵害对象而言，通常具有随机性和不确定性。在犯罪方法上，前者通常必须以暴力、威胁方法实施;后者则不限于此，以和平演变等方式危害国家政权、破坏国家统一的，也构成犯罪(武装叛乱、暴乱罪除外)。最后，从犯罪的危害结果看，前者为抽象危险犯或实害犯，后者则系行为犯。3、从犯罪主体来看，但在实践中，后者的主体特别是其中的首要分子多是那些窃据国家重要职位，具有较大政治影响力的人;而前者的主体多见为普通公民。4、犯罪的主观方面不同。这是二者最本质、最关键的区别。前者在主观方面既可以表现为直接故意也可以表现间接故意，行为人通常有妨害公务执行的目的，但不限于此;后者则只能出自直接故意，且行为人必须具有危害国家安全的目的。