两罪在主观心理状态方面是相同的，都是基于故意；在客观方面都是以暴力和威胁方法为犯罪手段，实施了阻碍执行职务的行为。其区别是：

1、主体要件不同。阻碍执行军事职务罪的主体要件为特殊主体，即只能是军人；妨害公务罪的主体，是一般主体，即可以是任何达到法定刑事责任年龄、具有刑事责任能力的人。

2、侵害的客体不同。阻碍执行军事职务罪侵害的客体是军职任务的正常执行活动，侵害的对象是军队的指挥人员、值班人员、值勤人员；妨害公务罪侵害的客体是社会管理秩序，侵害的对象是国家机关工作人员。这是认定和区分两罪的关键所在。例如军人以暴力、威胁方法阻碍国家工作人员执行职务的，以妨害公务罪论处。

一、阻碍执行军事职务罪司法解释

［刑法条文］

第四百二十六条以暴力、威胁方法，阻碍指挥人员或者值班、值勤人员执行职务的，处五年以下有期徒刑或者拘役；情节严重的，处五年以上有期徒刑；致人重伤、死亡的，或者有其他特别严重情节的，处无期徒刑或者死刑。战时从重处罚。

第四百五十一条本章所称战时，是指国家宣布进入战争状态、部队受领作战任务或者遭敌突然袭击时。部队执行戒严任务或者处置突发性暴力事件时，以战时论。

二、阻碍执行军事职务罪与聚众扰乱社会秩序罪的界限

阻碍执行军事职务罪与聚众扰乱社会秩序罪行为人的主观心态、客观表现方式方面有相似之外，但也有明显的区别：

1、侵害的客体不同。阻碍执行军事职务罪侵害的客体是军队任务的正常执行活动，是军事利益，聚众扰乱社会秩序罪则是社会秩序。

2、侵害的对象不同。阻碍执行军事职务罪侵害的对象，必须是军队的指挥、值班、值勤人员，聚众扰乱社会秩序罪则是针对特定的机关、单位等。

3、主体要件不同。阻碍执行军事职务罪的主体要件只能是军人，聚众扰乱社会秩序罪的主体要件则是军内外人员均可构成。

4、犯罪手段不尽相同。阻碍执行军事职务罪是使用暴力、威胁方法，聚众扰乱社会秩序罪的犯罪手段则是多种多样的，如暴力袭击、强行侵占、冲击、哄闹等。

5、犯罪结果不同。阻碍执行军事职务罪不一定造成具体的危害结果，而聚众扰乱社会秩序罪必须是情节严重，使国家、军队、社会遭受严重损失的，才构成犯罪。