证券登记结算机构是为证券交易提供集中登记、存管和结算服务的专业性服务机构。证券登记结算机构管理的证券登记结算系统是证券市场的重要基础设施，是支撑和保障证券市场安全、高效运行的后台中枢。

证券登记结算机构的基本职能包括：证券账户的开立和管理；证券的存管；证券的登记；证券和资金的集中清算交收；受发行人委托派发证券权益并为投资者行使股东权利提供相关服务：提供与证券登记结算业务有关的信息、咨询和培训服务；监管部门批准的其他业务。我国证券登记结算业务实行集中统一的运营方式，中国证券登记结算有限责任公司承担着证券市场的登记结算业务。

证券登记结算机构的组织形式是多种多样的，从不同角度看可以有不同的分类方式。

从所有权形式上看，国际上证券登记结算机构大体上可分为三类：第一类登记结算机构附属于交易所，是交易所的全资子公司或交易所内设的一个部门。如香港、新加坡的结算机构就是交易所的全资子公司。第二类是所谓用户拥有的登记结算机构，这类登记结算机构的股东就是证券经纪公司、银行等结算系统的参与者和使用者，如欧洲结算(Eroclear)。第三类是其他所有权形式的登记结算机构。如我国证券登记结算公司的股东是沪、深两家证券交易所，波兰的全国证券存管结算公司由中央银行、财政部和交易所各占三分之一的股份。

从业务的一体化程度上看，证券登记结算机构可分为两种类型：第一类是一体化程度较高的集中型，如德国交易所集团(DetschBorseGrop)的证券现货和衍生产品交易、清算、交收和存管等业务都是由德国交易所集团负责。我国的证券登记结算业务也集中由中国证券登记结算公司承担。第二类是各种业务由不同机构承担的分散型。多数证券市场的登记业务与结算业务是分设的，有的市场清算与交收业务也分别由不同的机构承担。如日本市场，东京、大坂等交易所集中交易的清算都由日本证券清算公司(jscc)负责；证券存管和交收由日本证券存管中心(JASDEC)负责；场外交易的清算和交收均由日本证券存管中心DVP清算公司(JDCC)负责；证券的登记由上市公司或证券登记处负责。

从机构合并的不同类型来看，证券登记结算机构可分为横向型和纵向型两种。近年来，证券登记结算机构的境内和跨境合并形成一种趋势。横向型，即合并之前各个机构的业务类型基本相同，但业务涉及的地域不同，合并后的新机构在业务上有横向的扩张。如欧洲结算(Eroelear)与法国、比利时、荷兰登记结算机构合并就是如此。登记结算机构的合并也可以是纵向的，即将原本分别由不同机构从事的清算、交收、存管等业务统一合并在一个组织构架中，如美国证券存管清算公司(DTCC)就是将原来从事存管业务的证券存管公司(DTC)和从事清算业务的全美清算公司(NSCC)合并而成的。无论哪种合并方式，合并后一般都会带来登记结算运营成本的下降和市场服务范围的扩大。

登记结算机构的业务模式与其服务的市场结构有着密切关系，大致可分为三种：

(1)单一市场中的证券结算模式。我国香港和台湾都只有一个证券交易所，因而结算系统相对简单。香港中央结算公司利用自身的中央结算地位，充当买卖双方的交收对手，并为净额交收提供保证，交收风险完全由中央结算公司控制。台湾实行的是较为独特的证券集中保管账簿划拨制度，通过建立证券集中保管公司，采用多层次账户管理模式，投资者的集中保管账户由证券商管理，称为二级账户；证券商的保管划拨账户由集中保管公司管理，称为一级账户，实行净额交收方式。

(2)多个市场中的证券结算模式。美国和日本等国家都有多个证券交易所，也曾相应存在各个自成体系的证券结算系统。近年来，随着证券市场统一趋势的发展，证券结算系统也逐步合并。如1991年10月开始运作的日本证券存管中心(JASDEC)同时为日本八大交易所提供证券结算服务，美国证券存管清算公司(DTCC)集中了纽约交易所、美国交易所、NASDAQ等市场的上市股份的存管和结算业务。

(3)跨国证券结算模式。明迅银行(Clearstream)和欧洲结算(Eroclear)是两大国际证券结算机构。它们充分利用各国现有的证券结算机构作为其代理，使客户可在24小时内投资于不同国家的证券市场，极大地方便了国际间的证券交易。