1.增值税会计模式的问题

我国现行的增值税会计从实质上分析属于财税合一的模式，以税法规定的纳税义务和抵扣权利作为会计确认与计量的依据，会计核算过分依照税法的规定，而放弃了自身的要求与原则，致使提供的会计信息不能客观真实地反映企业的财务状况。

2.增值税会计确认方面的问题

(1)销项税额与进项税额之间的配比问题。增值税销项税额与进项税额之间的配比，用会计的语言可表述为，将购货成本中的增值税与销售收入中的增值税相配比，即可得出应交税款的数额(或者应退税款的数额)。增值税直接进行税额的配比，为纳税提供便利，符合税务机关对纳税人会计的要求。企业增值税会计的关键在于对当期的进项税额与销项税额进行确认，亦即在进项税额、销项税额确认的过程中完成配比。但是，这种配比并不是会计意义上的配比。会计上的配比原则是指在会计分期假设下，按权责发生制进行收入与费用(成本)的配比。税法上的配比并不是真正意义上的配比。虽说销项税额与销售收入相关，但与进项税额相关的是购货成本，而非销售成本。若为会计配比，配比后的余额应该是按销售收入计算的销项税额减去与销售成本相关的进项税额。

(2)出口退税清算差异的费用确认问题。所谓的出口退税清算差异是指：在实际工作中，企业申报的出口退税与税务部门实际返还的出口退税数额之间存在的差异。据估计，中国很大一部分的出口企业未能收回的应收退税额大约在3%～5%之间。对此若不计提一定的准备金是违反谨慎性原则的。

3.增值税会计对存货成本计量原则的影响问题

违背了会计核算可比性原则的要求。从一般纳税人看，如果购进货物时按规定取得了增值税专用发票，其存货成本就不包括付出的增值税进项税额，如果是取得普通发票或取得的增值税专用发票不符合规定，其存货成本则包括付出的增值税进项税额。同一企业的存货，有的按价税分离进行会计核算，有的按价税合一进行会计核算，显然缺乏可比性。另外，从一般纳税人和小规模纳税人的关系看，一般纳税人在取得符合规定的增值税专用发票时，存货成本按价税分离核算，而小规模纳税人不论是否取得了增值税专用发票，均按价税合一核算存货成本，从而又导致了不同类型企业的存货计价缺乏可比性。

4.增值税会计信息报告与披露方面的问题

(1)有关账户设置问题。在现行的增值税会计制度中，没有增值税的费用账户，所有相关费用计入购入货物成本或转入“在建工程”、“应付职工薪酬费”等科目中，使得会计报表不能充分揭示增值税会计信息。

(2)增值税会计信息报告与披露缺乏可理解性。首先，在资产负债表中，待抵扣进项税额本是企业资金的占用，在未抵扣前应作为一项资产在资产负债表中列示，但按现行增值税会计处理，待抵扣进项税额作为应交税金的抵减项目，直接冲减了企业的负债，从而违背了报表揭示明晰性原则的要求，降低了财务报表的可理解性;其次，在利润表中，将不能抵扣的进项税额直接或间接计入产品销售成本，使利润表中的营业利润等项目缺乏可比性，不能真实反映企业的正常获利能力。再次，在应交增值税明细表和增值税纳税申报表中，未反映不得抵扣销项税额的进项税额，尤其是未详细列示未按规定取得或保管增值税专用发票、销售方开具的增值税专用发票不符合有关要求的情况。并且，应交增值税明细表中未反映价外费用和视同销售的销项税额。这种报表结构不便于税务机关对纳税人的纳税情况进行监督，也不便于有关方面了解企业的财务活动。

(3)增值税会计信息报告与披露违背重要性原则。增值税抵扣、减免对企业的财务状况和经营成果有重要影响，属于重要信息，应当单独披露。而现行增值税会计处理方法将其计入销售成本合并反映。