依据新《刑诉法》第280条规定，违法所得没收程序的启动机关是检察机关。依据该条第2款规定，公安机关认为符合法定条件的，应当提出没收违法所得意见书移送检察院。但是，公安机关并不是法定的程序启动者。因为违法所得没收程序主要是一种特殊的审判程序，虽然公安机关可以提出没收违法所得意见书，但是法律上并没有类似第一审普通程序中的立案侦查阶段，违法所得没收程序是附随在刑事案件普通程序上的，公安机关的意见书并无独立的法律地位、诉讼价值。如同第二审程序中检察机关的阅卷审查阶段，并不是独立的诉讼阶段。而且公安机关的意见并不必然以程序启动为结果，意见书还有待检察机关审查，只有符合法定条件才会启动程序，因此，该意见并不具备外部正式性。因此，从严格意义上说，检察机关向法院提出违法所得没收申请才是违法所得没收程序的启动。

根据公安机关负责侦查和检察机关直接受理侦查两类案件的不同，检察环节的启动违法所得没收程序有两种方式：一是检察机关对侦查机关移送的没收违法所得意见书启动审查，二是检察机关的侦查部门在犯罪嫌疑人逃匿、死亡后依法启动违法所得没收程序的调查.检察机关既要注重第一种启动方式，防止侦查机关应当启动调查违法所得而不调查，或者调查后应当移送而不移送，还要完善第二种启动方式，加强自身监督防止侦查部门应当启动调查而不启动。对于检察机关直接受理侦查的案件，可以运用以下机制加强自身监督，保证应当启动违法所得没收程序的案件都能启动:

(1)案件管理。涉案款物已经被采取查封、扣押、冻结措施的，犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡后，案件管理部门应当向侦查部门、公诉部门提出是否有必要启动违法所得没收程序的建议，依据刑事诉讼规则第299条规定报请检察长决定。

(2)上一级检察院的监督。依据刑事诉讼规则第291条规定，犯罪嫌疑人死亡后，拟撤销案件的应当由上一级检察院侦查部门对案件进行审查，包括对是否要启动违法所得没收程序进行审查;

(3)公诉部门的监督。公诉部门对侦查部门提出的没收违法所得意见书应当进行全面审查，发现另有应当没收的犯罪所得、涉案财物的应当向侦查部门提出调查建议。