一、如何处理土地权属纠纷的程序

处理土地权属纠纷的程序是：

1．协商。因土地使用权发生纠纷的双方当事人可以通过协商解决；

2．调解。当事人可以通过调解解决纠纷；

3．仲裁。当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的可以向辖区仲裁机构申请仲裁；

4．诉讼。根据纠纷内容直接向人民法院提起诉讼。

法律依据：

《土地管理法》第十四条

土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。

二、土地不给确权的几种情况

土地不给确权的几种情况如下：

1．存在纠纷的土地。土地确权就在于摸清土地的权益归属问题，如果某块土地尚处于纠纷状态，一般需要在解决完纠纷问题之后才可确权。

2．私自开垦的荒地和未利用地不确权到户。每个村集体都有自己的一定的荒地和未利用土地，这些土地平常农村自己开垦一般也不会说什么，但是在此次确权中，如果农户没有与发包方签订土地的承包协议，那么就只能确权到村集体，而不能确权到户。

3．已退耕还林／退耕还草的耕地，并取得林权证和草地证。对于承包的林地和草地，如果已经取得了相应的林权证和草地证，则不纳入农村土地确权。

三、农村土地确权证在哪个部门办理

土地确权该找土地管理部门办理。

《确定土地所有权和使用权的若干规定》第一条为了确定土地所有权和使用权，依法进行土地登记，根据有关的法律、法规和政策，制订本规定。

第二条土地所有权和使用权由县级以上人民政府确定，土地管理部门具体承办；土地权属争议，由土地管理部门提出处理意见，报人民政府下达处理决定或报人民政府批准后由土地管理部门下达处理决定。

《中华人民共和国土地管理法》（2019修正）：第二章　房地产开发用地 第一节　土地使用权出让　　第十四条　土地使用权出让最高年限由国务院规定。